2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
目的: 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム (The International Human Epigenome Consortium: IHEC) に参画し、日本人検体から得られた胎盤組織の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開し研究基盤形成に貢献する。
研究方法: PBAT-seq、ChIP-seq、RNA-seq、small RNA-seq
対象: 胎盤 (細胞性栄養膜細胞 [正常/CT、胎児発育不全/FGR-CT、妊娠高血圧症候群/PE-CT、18トリソミー/Tri-18-CT]、合胞体栄養膜細胞 [ST]、絨毛外栄養膜細胞 [EVT]、FemaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、MaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、絨毛間質細胞) 、子宮内膜 (間質細胞、腺上皮細胞) 、全胞状奇胎
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| JGAD000073 | 制限公開（Type I） | NGS(PBAT-seq) NGS(ChIP-seq) NGS(RNA-seq) NGS(small RNA-seq) | 2020-09-28 | |
| JGAD000115 | 制限公開（Type I） | NGS(PBAT-seq) NGS(ChIP-seq) NGS(RNA-seq) NGS(small RNA-seq) | 2020-09-28 | |
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| 革新的先端研究開発支援事業 (AMED-CREST) 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム (IHEC) 佐々木チーム | https://crest-ihec.jp/index.html |
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業 (AMED-CREST) | 「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域 | |
タイトル | DOI | データセット |
|---|---|---|
| The International Human Epigenome Consortium: A blueprint for scientific collaboration and discovery. | https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.11.007 | |
| Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta | https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2016.08.021 | |
| Derivation of Human Trophoblast Stem Cells | https://doi.org/10.1016/j.stem.2017.11.004 | |
| The microRNA cluster C19MC confers differentiation potential into trophoblast lineages upon human pluripotent stem cells | https://doi.org/10.1038/s41467-022-30775-w | |
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
|---|---|---|---|---|---|
| AmirEden | The HebrewUniversity of Jerusalem | Israel | Consequences of DNA hypomethylation- alternative promoters | 2019-05-07—2023-07-13 | |
| SMITH AUSTIN | University of Cambridge | United Kingdom | Comparison of trophoblast stem cell cultures | 2019-08-19—2023-07-25 | |
| Leung Danny | The Hong Kong University of Science and Technology | HKG | Defining the transcriptional regulatory roles of retrotransposons in human placenta cells. | 2021-08-11—2027-05-28 | |
| Bourque Guillaume | McGill University | Canada | Epigenome Meta-Analysis Project (epiMAP) | 2018-06-07—2021-03-19 | |
| Haerty Wilfried | Earlham Institute | United Kingdom | Understanding epigenetic drift in a transient reproductive tissue - defining the effects on gestation ageing and cell identity within the placenta | 2023-04-12—2025-02-06 | |
| 浜田道昭 | Waseda University | Japan | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05—2027-10-31 | |
| Kim Jonghwan | University of Texas at Austin | USA | Establishment of human trophoblast stem-like cells derived from human induced pluripotent stem cells for studying human placental development | 2021-05-31—2023-07-05 | |
| LeeKichoon | (Filled by DDBJ) | USA | Allele-specific expression in humans | 2021-05-31—2025-01-01 | |
| LiHui | Shanghai JiaoTong University School of Medicine | China | Derivation of Human induced Trophoblast Stem Cells from Embryonic Stem Cells | 2020-01-15—2024-01-30 | |
| Lin Zhaobo | ShanghaiTech University | China | Comparison between reprogrammed and primary trophoblast stem cells | 2018-11-12—2023-07-05 | |
| Hirst Martin | BC Cancer, part of the Provincial Health Services Authority | Canada | Epigenomic analysis of human samples | 2018-08-06—2022-09-05 | |
| Sun Ming-an | Yangzhou University | China | The activation and function of endogenous retroviruses in mammalian placentae | 2022-06-23—2025-01-10 | |
| 大串雅俊 | Instutute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto University | Japan | ヒト多能性幹細胞の分化ポテンシャルに関する研究 | 2020-03-19—2023-09-21 | |
| Alvarez Nehemiah | De Novo Genomics Corporation | USA | Evolutionary conservation of gene expression and epigenetic analysis of trophoblast stem cells | 2018-02-02—2021-03-19 | |
| RobsonPaul | The Jackson Laboratory | USA | Modeling extra-embryonic mesoderm lineage development with human induced pluripotent stem cells | 2024-02-08—2026-12-26 | |
| 依馬正次 | Shiga University of Medical Science, Research Center for Animal Life Science | Japan | ヒト胎盤からの栄養膜幹細胞の単離と性状解析 | 2024-08-19—2026-08-31 | |
| Roberts Michael | University of Missouri | USA | A comparative analysis of transcriptome data from placental cell line derived from anonymous placental cells | 2018-03-02—2023-08-28 | |
| 秦健一郎 | National Center for Child Health and Development | Japan | 胎児発育異常の遺伝子・ゲノム解析 | 2021-06-17—2022-03-31 | |
| Theunissen Thorold | Washington University School of Medicine in St. Louis | USA | Assessment of trophoblast fates derived from human pluripotent stem cells | 2019-12-10—2023-07-05 | |
| Macfarlan Todd | National Institute of Child Health and Human Development | USA | Analysis of the public methylome, chromatin and transcription profiles for induced human trophoblast stem cells | 2018-12-17—2019-09-04 | |
| Ursini Gianluca | Lieber Institute for Brain Development | USA | Analysis of the transcriptional profile of Human Trophoblast Stem Cells | 2022-04-26—2026-12-31 | |
| Yeung William | The University of Hong Kong | China | Derivation of human expanded potential stem cells (EPSCs) from human pre-implantation embryos | 2019-02-12—2020-09-02 | |
| Xue Zhigang | Tongji University | China | Mechanism of cell programming and embryo-gamete original disease in human embryo development. | 2018-12-17—2021-03-19 | |