2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- 研究
- hum0086
- データの種類
- NGS(PBAT-seq) NGS(ChIP-seq) NGS(RNA-seq) NGS(small RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000107
解析手法
PBAT-seq
- 材料と対象者
胎盤(細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全(ICD10: P059)、妊娠高血圧症候群(ICD10: O149)、18トリソミー(ICD10: Q913)]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、全胞状奇胎(ICD10: O010)、FemaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化)、MaleのCTから作製したTS(未分化): 計28検体
- 実験方法
PBAT-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 1500/2500]
- 試料説明
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、全胞状奇胎、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
- ライブラリ構築
Post-Bisulfite Adaptor-Tagging(PBAT)法
- 断片化
PBAT法による(Bisulfite変換に伴うDNA切断)
- リードタイプ
Paired-end、Single-end
- リード長
101 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000073: 4.08 TB(fastq) JGAD000115: 339.44 GB(fastq)
- 利用ポリシー
ChIP-seq
- 材料と対象者
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、FemaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化): 計25検体
- 実験方法
ChIP-seq
- ターゲット
抗体: 6種(H3K4me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K27ac、H3K27me3、H3K36me3)＋Input
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
- ライブラリ構築
Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN) および NEBNext UltraII DNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
超音波断片化(Covaris M220)
- リードタイプ
Paired-end、Single-end
- リード長
51-126 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000073: 4.08 TB(fastq) JGAD000115: 339.44 GB(fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
胎盤(細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全(ICD10: P059)、妊娠高血圧症候群(ICD10: O149)、18トリソミー(ICD10: Q913)]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、FemaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化)、MaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化): 計34検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA
- ライブラリ構築
TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
101-126 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000073: 4.08 TB(fastq) JGAD000115: 339.44 GB(fastq)
- 利用ポリシー
small RNA-seq
- 材料と対象者
胎盤(細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全(ICD10: P059)、妊娠高血圧症候群(ICD10: O149)、18トリソミー(ICD10: Q913)]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、FemaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化): 計23検体
- 実験方法
small RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 1500/2500]
- 試料説明
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina
- リードタイプ
Single-end
- リード長
64 or 68 bp(アダプター込み)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000073: 4.08 TB(fastq) JGAD000115: 339.44 GB(fastq)
- 利用ポリシー