データセット ID
JGAD000115
- データの種類
- NGS（PBAT-seq）
NGS（ChIP-seq）
NGS（RNA-seq）
NGS（small RNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 364 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0086
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000115 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000107 (新しいタブで開きます)
解析手法
PBAT-seq
- 材料と対象者
- 胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎（ICD10：O010）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）、MaleのCTから作製したTS（未分化）：計28検体
- 健康状態混在
- 対象者数28 (検体数)
- 性別混在
- 疾患
- 胎児発育不全
- 妊娠高血圧症候群
- 18トリソミー
- 全胞状奇胎
- 試料説明
- 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
- 組織Complete hydatidiform mole、細胞性栄養膜細胞、子宮内膜、Extravillous trophoblast、Glandular epithelial cell、胎盤、Stromal cell、Syncytiotrophoblast、栄養膜幹細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- Extravillous trophoblast (EVT)
Syncytiotrophoblast (ST)
Trophoblast stem cell (TS) - 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- PBAT-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Post-Bisulfite Adaptor-Tagging (PBAT)
- 断片化
- PBAT法による（Bisulfite変換に伴うDNA切断）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 1500
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- 混在
- リード長
- 101 bp
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計25検体
- 対象者数25 (検体数)
- 性別女性
- 試料説明
- 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
- 組織細胞性栄養膜細胞、子宮内膜、Extravillous trophoblast、Glandular epithelial cell、胎盤、Stromal cell、Syncytiotrophoblast、栄養膜幹細胞、Villous stromal cell
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- 抗体：6種（H3K4me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K27ac、H3K27me3、H3K36me3）＋Input
- 試薬キット
- NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina
Ovation Ultralow System V2 Kit - 断片化
- 超音波断片化（Covaris M220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- 混在
- リード長
- 51–126 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）、MaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計34検体
- 健康状態混在
- 対象者数34 (検体数)
- 性別混在
- 疾患
- 胎児発育不全
- 妊娠高血圧症候群
- 18トリソミー
- 試料説明
- 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA
- 組織細胞性栄養膜細胞、子宮内膜、Extravillous trophoblast、Glandular epithelial cell、胎盤、Stromal cell、Syncytiotrophoblast、栄養膜幹細胞、Villous stromal cell
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Trophoblast stem cell (TS)
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101–126 bp
small RNA-seq
- 材料と対象者
- 胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計23検体
- 健康状態混在
- 対象者数23 (検体数)
- 性別女性
- 疾患
- 胎児発育不全
- 妊娠高血圧症候群
- 18トリソミー
- 試料説明
- 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA
- 組織細胞性栄養膜細胞、子宮内膜、Extravillous trophoblast、Glandular epithelial cell、胎盤、Stromal cell、Syncytiotrophoblast、栄養膜幹細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Small RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 1500
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 64 bp (アダプター込み)
68 bp (アダプター込み)