データセット ID
JGAD000121
- データの種類
- NGS（PBAT-seq）
NGS（ChIP-seq）
NGS（RNA-seq）
NGS（miRNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 339 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0112
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000112 (新しいタブで開きます)
解析手法
PBAT-seq
- 材料と対象者
- ヒト胎盤幹細胞：3サンプル（系統：1、培養条件：3）
- 対象者数3 (検体数)
- 試料説明
- ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
- 組織胎盤
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Trophoblast stem cell (TS)
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- PBAT-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Post-Bisulfite Adaptor-Tagging (PBAT)
- 断片化
- PBAT法
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 1500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 101 bp
ChIP-seq
- 材料と対象者
- ヒト胎盤幹細胞：18サンプル（系統：1、培養条件：3、抗体：6種 [抗H3K4me3, H3K4me1, H3K9me3, H3K27ac, H3K27me3, H3K36me3抗体]）＋1ネガティブコントロール
- 対象者数18 (検体数)
- 試料説明
- ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
- 組織胎盤、栄養膜幹細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Trophoblast stem cell (TS)
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ovation Ultralow System V2 Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris M220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 126 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- ヒト胎盤幹細胞：6サンプル（系統：2、培養条件：3）
- 対象者数6 (検体数)
- 試料説明
- ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA
- 組織Placental stem cell、栄養膜幹細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp
miRNA-seq
- 材料と対象者
- ヒト胎盤幹細胞：3サンプル（系統：1、培養条件：3）
- 対象者数3 (検体数)
- 試料説明
- ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA
- 組織胎盤
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Trophoblast stem cell (TS)
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Small RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 1500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 64 bp (アダプター込み)
68 bp (アダプター込み)