2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- 研究
- hum0040
- データの種類
- NGS(WGS) NGS(Exome) NGS(WGBS) NGS(RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000038
解析手法
WGS
- 材料と対象者
胎盤: 2検体 母体血: 2検体
- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
胎盤および母体血から抽出したゲノムDNA
- ライブラリ構築
TruSeq Nano DNA LT Sample Prep Kit
- 断片化
超音波断片化(Covaris M220)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
101 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
約 540 GB (fastq.gz)
- 利用ポリシー
WES
- 材料と対象者
胎盤: 24検体 母体血: 24検体
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
胎盤および母体血から抽出したゲノムDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon V5+UTRs Kit および TruSeq Nano DNA LT Sample Prep Kit
- 断片化
超音波断片化(Covaris M220)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
101 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
約 490 GB (fastq.gz)
- 利用ポリシー
WGBS
- 材料と対象者
胎盤: 15検体
- 実験方法
WGBS
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
胎盤から抽出したゲノムDNA
- ライブラリ構築
PBAT法 もしくは NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit
- 断片化
超音波断片化(Covaris M220) PBAT法は断片化なし
- リードタイプ
Paired-end もしくは Single-end
- リード長
101 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
約 320 GB (fastq.gz)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
胎盤: 21検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
胎盤から抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
101 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
約 220 GB (fastq.gz)
- 利用ポリシー