データセット ID
JGAD000038
- データの種類
- NGS（WGS）
NGS（Exome）
NGS（WGBS）
NGS（RNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.7 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0040
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000038 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000038 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 胎盤 ：2検体
母体血：2検体 - 対象者数4 (検体数)
- 試料説明
- 胎盤および母体血から抽出したゲノムDNA
- 組織末梢血、胎盤
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris M220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp
WES
- 材料と対象者
- 胎盤 ：24検体
母体血：24検体 - 対象者数48 (検体数)
- 試料説明
- 胎盤および母体血から抽出したゲノムDNA
- 組織末梢血、胎盤
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5 + UTRs
TruSeq Nano DNA Library Prep Kit - 断片化
- 超音波断片化（Covaris M220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp
WGBS
- 材料と対象者
- 胎盤：15検体
- 対象者数15 (検体数)
- 試料説明
- 胎盤から抽出したゲノムDNA
- 組織胎盤
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGBS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
Post-Bisulfite Adaptor-Tagging (PBAT) - 断片化
- 超音波断片化（Covaris M220）
PBAT法は断片化なし - プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- 混在
- リード長
- 101 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 胎盤 ：21検体
- 対象者数21 (検体数)
- 試料説明
- 胎盤から抽出したRNA
- 組織胎盤
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp