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NBDC ヒトデータベース

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現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

hum0111 のリリース情報

  • hum0111-v3

    2021-02-19
    このリリースで追加されたデータセット
    リリースノート
    胃がん102症例の腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したRNAを用いたAmplicon-seq（IgHV、IgKV、IgLV遺伝子のV領域からC領域）の結果を、fastqファイルにて提供する。PCRによりライブラリ作製後、MiSeq（Illumina）にて平均長300 bp x 2を読んだ（Paired-end）。

  • hum0111-v2

    2019-05-31
    このリリースで追加されたデータセット
    リリースノート
    胃がん60症例の腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したRNAを用いたAmplicon-seq（IgVH遺伝子のV領域からC領域）の結果を、fastqファイルにて提供する。PCRによりライブラリ作製後、MiSeq（Illumina）にて平均長300 bp x 2を読んだ（Paired-end）。

  • hum0111-v1

    2017-07-31
    このリリースで追加されたデータセット
    リリースノート
    びまん性胃がん30症例の腫瘍組織から抽出したRNAを用いたRNA-seq、および、腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したRNAを用いたAmplicon-seq（TCRα、TCRβ、IgVH、IgVκ/λ遺伝子のV領域からC領域）の結果を、テキストフィル（cuffnormの出力）およびfastqファイルにて提供する。TruSeq Stranded mRNA Sample Prep KitによるRNAライブラリ作製後、HiSeq 2000（Illumina）にて平均長100 bp x 2を読み（Paired-end）FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped fragments）値を算出した。一方、Amplicon-seqでは、PCRによりライブラリ作製後、MiSeq（Illumina）にて平均長300 bp x 2を読んだ（Paired-end）。