2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
目的: 胃がんにおける腫瘍浸潤リンパ球の遺伝子解析
研究方法: Illumina HiSeq 2000を使用したRNA-seqおよびIllumina MiSeqを使用したT/B細胞抗原受容体mRNAのターゲットシーケンシング
対象: びまん性胃がん30症例 (RNA-seqは腫瘍組織のみ。Amplicon-seqは腫瘍組織とその近傍の非腫瘍組織のペア) 、胃がん60＋15症例 (Amplicon-seq: 腫瘍組織とその近傍の非腫瘍組織のペア)
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| JGAD000105 | 制限公開（Type I） | NGS(RNA-seq) NGS(Amplicon-seq) | 2020-09-28 | |
| JGAD000104 | 制限公開（Type I） | NGS(RNA-seq) NGS(Amplicon-seq) | 2020-09-28 | |
| JGAD000210 | 制限公開（Type I） | NGS(Amplicon-seq) | 2020-09-28 | |
| JGAD000342 | 制限公開（Type I） | NGS(Amplicon-seq) | 2021-03-08 | |
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| データなし | |
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究 (A) | がん浸潤リンパ球の抗原受容体次世代シーケンス ～がん免疫システムの包括的理解～ |
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| 日本医療研究開発機構 (AMED) 次世代がん医療創生研究事業 (P-CREATE) | 胃癌における癌細胞と免疫細胞の統合ゲノミクス |
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| 日本医療研究開発機構 (AMED) 革新的バイオ医薬品創出基盤技術開発事業 | 臨床腫瘍特異的なシングルドメイン抗体機能複合体の取得技術に関する研究 |
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| 日本医療研究開発機構 (AMED) 創薬基盤推進研究事業 | ゲノム情報科学と機械学習に基づく高機能抗体のデザイン開発技術に関する研究 |
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タイトル | DOI | 利用データID |
|---|---|---|
| Immunogenetic Profiling for Gastric Cancers Identifies Sulfated Glycosaminoglycans as Major and Functional B-cell Antigens among Human Malignancies | https://doi.org/10.1016/j.celrep.2017.07.016 | |
| Capturing the differences between humoral immunity in the normal and tumor environments from repertoire-seq of B-cell receptors using supervised machine learning. | https://doi.org/10.1186/s12859-019-2853-y | |
| Focal adhesion ribonucleoprotein complex proteins are major humoral cancer antigens and targets in autoimmune diseases | https://doi.org/10.1038/s42003-020-01305-5 | |
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
|---|---|---|---|---|---|
| データなし | |||||