研究 ID

hum0200-v2リリース情報

このページは過去のバージョン (v2) です。最新のバージョンは v7 です。

研究題目

乳腺腫瘍の表現型にかかわる体細胞変異および遺伝子発現異常の解析

目的: 非浸潤性乳管がんの分子生物学的背景に基づいたリスク層別化因子の探索、および浸潤性乳管がんの転移過程の解析
研究方法: 臨床的リスク因子に基づいて非浸潤性乳管がん症例、および浸潤性乳管がんを選択し、網羅的遺伝子解析によりリスク因子との関連を検討する。
・浸潤性乳管がん：target capture sequencing（TC）解析、メチル化解析、空間トランスクリプトーム解析、single cell RNA sequencing（scRNA-seq）解析、semibulk RNA-seq解析、whole genome sequencing（WGS）解析、Enzymatic Methyl-seq（EM-seq）解析、targeted long-read methylation sequencing（t-nanoEM）解析を実施した。
・非浸潤性乳がん：target capture sequencing（TC）解析、メチル化解析、空間トランスクリプトーム解析、single cell RNA sequencing（scRNA-seq）解析、semibulk RNA-seq解析、whole exome sequencing（Exome）解析、single cell copy number variant（scCNV）解析、whole genome sequencing（WGS）解析を実施した。
対象: ヒト非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん
URL: N/A

データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。

カート	データセット ID	データの種類	解析手法	アクセス制限	公開日
	JGAD000287	NGS（Exome）シングルセルCNV解析	WES Single-cell CNV	制限公開（Type I）	2021-04-02
	JGAD000368	NGS（WGS）メチル化解析	WGS メチル化解析	制限公開（Type I）	2021-04-26

研究プロジェクト情報はありません。

科研費・助成金名	研究課題名	研究課題番号
科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）	先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム	16H06279
日本学術振興会藤田記念医学研究振興基金	乳房非浸潤性乳管癌(DCIS)の治療最適化に向けた新規再発リスク因子の検討	N/A

タイトル	DOI	データセット ID
Efficient prediction of a spatial transcriptomics profile better characterizes breast cancer tissue sections without costly experimentation	https://doi.org/10.1038/s41598-022-07685-4 (新しいタブで開きます)	JGAD000308 JGAD000396
Semibulk RNA-seq analysis as a convenient method for measuring gene expression statuses in a local cellular environment	https://doi.org/10.1038/s41598-022-19391-2 (新しいタブで開きます)	JGAD000502

制限公開データの利用実績はありません。