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NBDC ヒトデータベース
NBDC Research ID:hum0182-v5
リリース情報
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研究題目

全ゲノムシークエンスデータの解析による変異と遺伝的多様性の包括的解析

研究概要

目的: 全ゲノムシークエンスによる構造異常の包括的解析

研究方法: 長鎖一分子シークエンサー (nanopore) およびHiSeq 2000、Genome Analyzer IIx (Illumina) による全ゲノムシークエンス

対象: ① 国際がんゲノムコンソーシアム (ICGC) の際に収集した日本人肝臓がん1症例 (RK067) (hum0158) の末梢血 (正常細胞) 由来DNA ② HapMap日本人 (NA18943) のDNA ③ 国際がんゲノムコンソーシアム (ICGC) の際に収集した日本人肝臓がん174症例 (RK001~RK338) (hum0158) の末梢血 (正常細胞) 由来DNA ④ 国際がんゲノムコンソーシアム (ICGC) の際に収集した日本人肝臓がん11症例 (RK014、RK019、RK020、RK067、RK085、RK0143、RK147、RK156、RK157、RK167、RK281) (hum0158) の末梢血 (正常細胞) および腫瘍組織由来DNA ⑤ ICGCの際に収集した日本人肝臓がん42症例の腫瘍組織および腫瘍組織周辺の非腫瘍組織由来RNA 、ならびに、乳がん細胞株のRNA

データセット一覧

データセット ID
アクセス制限
データの種類
公開日
JGAD000261制限公開(Type I)NGS(WGS): RK0672020-10-21
DRA008482非制限公開NGS(WGS): NA189432019-06-21
JGAD000635制限公開(Type I)NGS(RNA-seq)2022-05-23

提供者情報

    研究代表者
    藤本 明洋
    所属機関
    東京大学大学院 医学系研究科 人類遺伝学教室

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト名
URL
国立研究開発法人日本医療研究開発機構 ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業「先端ゲノム研究開発」プロジェクト

助成金情報

科研費・助成金名
タイトル
研究課題番号
日本医療研究開発機構 (AMED) ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業先進的シークエンス情報解析技術基盤の開発
  • JP18km0405207
科学研究費助成事業 基盤研究 (B)長鎖シークエンス技術を用いた肝癌の転写異常の包括的解析
  • 18H02680
科学研究費助成事業 新学術領域研究 (研究領域提案型)ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明
  • 18H05511
日本医療研究開発機構 (AMED) 臨床ゲノム情報統合データベース整備事業B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究
  • JP18kk0205007

関連論文

タイトル
DOI
データセット
Identification of intermediate-sized deletions and inference of their impact on gene expression in a human population.https://doi.org/10.1186/s13073-019-0656-4
Whole-genome sequencing with long reads reveals complex structure and origin of structural variation in human genetic variations and somatic mutations in cancerhttps://doi.org/10.1186/s13073-021-00883-1

制限公開データの利用者一覧

研究代表者
所属機関
国・州名
研究題目
データ利用期間
利用データID
Li ShuaichengCity university of Hong KongChinaA novel approach to construct tumor sub clonal evolutionary relationships based on spatial omics and whole genome sequence.2021-12-132023-01-05
tianfu zengSichuan UniversityChinaResearch on the regulatory mechanism of cancer molecules based on scRNA seq and nanopore third-generation sequencing technology2023-10-302024-09-19