データセット ID
JGAD000261
- データの種類
- NGS（WGS）：RK067
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 2.4 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- VCF
- XLSX
- 研究
- hum0182
- 公開日
- 2020-10-21
- 更新日
- 2021-04-19
- DDBJ Search
- JGAD000261 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000180 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- ① RK067（ICGC日本人肝臓がん症例の正常細胞）
② NA18943（HapMap検体）
④RK014、RK019、RK020、RK085、RK0143、RK147、RK156、RK157、RK167、RK281（ICGC日本人肝臓がん症例の正常細胞）
RK014、RK019、RK020、RK067、RK085、RK0143、RK147、RK156、RK157、RK167、RK281（ICGC日本人肝臓がん症例の腫瘍組織） - 健康状態混在
- 対象者数23 (検体数)
- コホートHapMap
- 対象集団日本人
- 試料説明
- ① 肝臓がん患者の末梢血（正常組織）から抽出したDNA
② HapMap DNA検体
④ 肝臓がん患者の末梢血（正常組織）および腫瘍組織から抽出したDNA - 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- NA18943
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK108)
- 断片化
- g-TUBE（Covaris）
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies MinION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 7463 bp (①④)
3479 bp (②)
WGS
- 材料と対象者
- ③ RK001～RK338（ICGC日本人肝臓がん174症例の正常細胞）
- 健康状態罹患
- 対象者数174 (人数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 肝臓がん患者の末梢血（正常組織）から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Paired-End DNA Sample Prep Kit
TruSeq DNA Sample Prep Kit
TruSeq Nano DNA Library Prep Kit - 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina Genome Analyzer IIx
Illumina HiSeq 2000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- bwa
- リード重複除去
- Picard
- QC・フィルタリング
- N/A
- 解析方法
- VCMM（Shigemizu et al. Sci Rep (2013)）
- カバレッジ (深度)
- 30x
- バリアント数
- 4378
5,239,921