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NBDC ヒトデータベース

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システムメンテナンスに伴い、以下の日程で、NBDCヒトデータベース申請システムならびにヒトデータ審査委員会による審査が停止いたします。
停止期間：2026年10月5日(月) 9:00 ～ 10月7日(水) 15:00
ご迷惑をおかけしますが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

研究 ID

hum0182-v5リリース情報

最新

研究題目

全ゲノムシークエンスデータの解析による変異と遺伝的多様性の包括的解析

研究概要

目的
全ゲノムシークエンスによる構造異常の包括的解析
研究方法
長鎖一分子シークエンサー（nanopore）およびHiSeq 2000、Genome Analyzer IIx（Illumina）による全ゲノムシークエンス
対象
① 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん1症例（RK067）（hum0158）の末梢血（正常細胞）由来DNA
② HapMap日本人（NA18943）のDNA
③ 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん174症例（RK001～RK338）（hum0158）の末梢血（正常細胞）由来DNA
④ 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん11症例（RK014、RK019、RK020、RK067、RK085、RK0143、RK147、RK156、RK157、RK167、RK281）（hum0158）の末梢血（正常細胞）および腫瘍組織由来DNA
⑤ ICGCの際に収集した日本人肝臓がん42症例の腫瘍組織および腫瘍組織周辺の非腫瘍組織由来RNA 、ならびに、乳がん細胞株のRNA
URL
N/A

データセット

カートデータセット IDデータの種類解析手法アクセス制限公開日
JGAD000261NGS（WGS）：RK067
  • WGS
制限公開（Type I）2020-10-21
DRA008482NGS（WGS）：NA18943
  • WGS
非制限公開2019-06-21
JGAD000635NGS（RNA-seq）
  • RNA-seq
制限公開（Type I）2022-05-23

提供者

研究代表者
藤本 明洋
所属機関
東京大学大学院 医学系研究科 人類遺伝学教室

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト名URL
国立研究開発法人日本医療研究開発機構 ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業「先端ゲノム研究開発」プロジェクト
N/A

助成金情報

科研費・助成金名研究課題名研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業
先進的シークエンス情報解析技術基盤の開発
  • JP18km0405207
科学研究費助成事業 基盤研究（B）
長鎖シークエンス技術を用いた肝癌の転写異常の包括的解析
  • 18H02680
科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型）
ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明
  • 18H05511
日本医療研究開発機構（AMED） 臨床ゲノム情報統合データベース整備事業
B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究
  • JP18kk0205007

関連論文

タイトルDOIデータセット ID
Identification of intermediate-sized deletions and inference of their impact on gene expression in a human population.
https://doi.org/10.1186/s13073-019-0656-4 (新しいタブで開きます)
Whole-genome sequencing with long reads reveals complex structure and origin of structural variation in human genetic variations and somatic mutations in cancer
https://doi.org/10.1186/s13073-021-00883-1 (新しいタブで開きます)

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目データ利用期間データセット ID
Shuaicheng Li香港 A new method to construct the haplotypes of viral integration regions based on multiple sequencing data.2021-12-13 – 2023-01-05
zeng tianfuLaboratory of Omics Technology and Bioinformatics, Sichuan University中国Study on Heterogeneity of Hepatocellular Carcinoma Based on Nanopore Sequencing Technology2023-10-30 – 2024-09-18