研究 ID

hum0182-v3リリース情報

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研究題目

全ゲノムシークエンスデータの解析による変異と遺伝的多様性の包括的解析

目的: 全ゲノムシークエンスによる構造異常の包括的解析
研究方法: 長鎖一分子シークエンサー（nanopore）およびHiSeq 2000、Genome Analyzer IIx（Illumina）による全ゲノムシークエンス
対象: ① 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん1症例（RK067）（hum0158）の末梢血（正常細胞）由来DNA
② HapMap日本人（NA18943）のDNA
③ 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん174症例（RK001～RK338）（hum0158）の末梢血（正常細胞）由来DNA
④ 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん11症例（RK014、RK019、RK020、RK067、RK085、RK0143、RK147、RK156、RK157、RK167、RK281）（hum0158）の末梢血（正常細胞）および腫瘍組織由来DNA
⑤ ICGCの際に収集した日本人肝臓がん42症例の腫瘍組織および腫瘍組織周辺の非腫瘍組織由来RNA 、ならびに、乳がん細胞株のRNA
URL: N/A

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カート	データセット ID	データの種類	解析手法	アクセス制限	公開日
	JGAD000261	NGS（WGS）：RK067	WGS	制限公開（Type I）	2020-10-21
	DRA008482	NGS（WGS）：NA18943	WGS	非制限公開	2019-06-21

研究プロジェクト名	URL
国立研究開発法人日本医療研究開発機構ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業「先端ゲノム研究開発」プロジェクト	N/A

科研費・助成金名	研究課題名	研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED）ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業	先進的シークエンス情報解析技術基盤の開発	JP18km0405207
科学研究費助成事業基盤研究（B）	長鎖シークエンス技術を用いた肝癌の転写異常の包括的解析	18H02680
科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）	ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明	18H05511
日本医療研究開発機構（AMED）臨床ゲノム情報統合データベース整備事業	B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究	JP18kk0205007

タイトル	DOI	データセット ID
Identification of intermediate-sized deletions and inference of their impact on gene expression in a human population.	https://doi.org/10.1186/s13073-019-0656-4 (新しいタブで開きます)	JGAD000261 DRA008482
Whole-genome sequencing with long reads reveals complex structure and origin of structural variation in human genetic variations and somatic mutations in cancer	https://doi.org/10.1186/s13073-021-00883-1 (新しいタブで開きます)	JGAD000261

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	データ利用期間	データセット ID
Shuaicheng Li		香港	A new method to construct the haplotypes of viral integration regions based on multiple sequencing data.	2021-12-13 – 2023-01-05	JGAD000261
zeng tianfu	Laboratory of Omics Technology and Bioinformatics, Sichuan University	中国	Study on Heterogeneity of Hepatocellular Carcinoma Based on Nanopore Sequencing Technology	2023-10-30 – 2024-09-18	JGAD000635