2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
目的: 大腸がん、胃がん、乳がんの転移再発を正確に予測するバイオマーカーの同定
研究方法: 原発巣・転移巣の切除切片 (腫瘍組織および正常粘膜) から抽出したDNA/RNAを用いた全エクソームシーケンス、RNA-seq、およびT細胞のレパトア解析、ならびにメチレーションアレイおよびWhole genome bisulfite sequencing解析。治療前後で経時的に血漿サンプルを採取し、抽出した血中循環腫瘍DNAを用いたTarget Capture Sequencing解析。
対象: 原発巣切除後に肺・肝転移をきたしたstage 1、2の大腸がん、胃がん、乳がん
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| JGAD000311 | 制限公開（Type I） | NGS(Exome) | 2020-09-28 | |
| DRA011183 | 非制限公開 | NGS(Exome) | 2020-12-14 | |
| DRA011184 | 非制限公開 | NGS(RNA-seq) | 2020-12-14 | |
| DRA011185 | 非制限公開 | NGS(Target Capture) | 2020-12-14 | |
| JGAD000667 | 制限公開（Type I） | NGS(Target Capture) | 2022-07-24 | |
| E-GEAD-396 | 非制限公開 | メチル化アレイ | 2021-12-06 | |
| DRA010902 | 非制限公開 | NGS(WGBS) | 2021-12-08 | |
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| データなし | |
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 (AMED) 次世代がん医療創生研究事業 (P-CREATE) | 微小環境多様性に連動する難治がんの分子遺伝学的多様性創成機構の解明と新たながん治療法・予測医療技術の開発 |
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タイトル | DOI | 利用データID |
|---|---|---|
| Pan-cancer methylome analysis for cancer diagnosis and classification of cancer cell of origin. | https://doi.org/10.1038/s41417-021-00401-w | |
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
|---|---|---|---|---|---|
| 白石航也 | National Cancer Center Research Institute | Japan | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | 2019-08-05—2029-03-31 | |