データセット ID
JGAD000667
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 410 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0120
- 公開日
- 2022-07-24
- 更新日
- 2022-07-24
- DDBJ Search
- JGAD000667 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000549 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| mutated_ | 対象遺伝子一覧 | 11.3 KB |
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 大腸がん（ICD10：C189）：10症例
・経時的に採取した血漿サンプル：77 検体
（根治術前1回、ならびに、後2～12回） - 健康状態罹患
- 対象者数10 (人数)
- 疾患
- 大腸がん
- 試料説明
- 経時的に取得した血漿から抽出した血中循環腫瘍より抽出したDNA
- 組織血漿
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- exome sequence解析により同定した原発巣および転移巣に共通する遺伝子変異部位452ヶ所を含む領域（対象遺伝子一覧）
- 試薬キット
- SureSelect Custom
- 断片化
- 超音波断片化 （Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp