研究 ID
hum0094-v3リリース情報
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最新バージョン (v11)研究題目
悪性腫瘍のゲノム・エピゲノム解析による病態解明
研究概要
- 目的
- ゲノム解析による乳がん、肺腺がん、および、大腸がんの病態解明
- 研究方法
- HiSeq 2000/2500によるWhole Genome Sequencing (WGS)、Whole Exome Sequencing (WES)、RNA-seq、RNA access、メチル化アレイ、および、SNPアレイ。WGS、WES、メチル化アレイ、および、SNPアレイは腫瘍組織とペア正常組織を解析している。
- 対象
- 手術切除切片（腫瘍組織および非腫瘍組織）、末梢血（正常組織）
WES：トリプルネガティブ乳がん36症例
肺腺がん43症例
MSI-H大腸がん149症例
WGS：トリプルネガティブ乳がん16症例（WESを実施した36症例に含まれる）
RNA-seq：トリプルネガティブ乳がん23症例（WESを実施した36症例に含まれる）
エストロゲン受容体陽性乳がん17症例
HER2陽性乳がん15症例
肺腺がん43症例
MSI-H大腸がん94症例
RNA access：MSI-H大腸がん18症例
メチル化アレイ：MSI-H大腸がん93症例
SNPアレイ：MSI-H大腸がん25症例
データセット
データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。
| カート | データセット ID | データの種類 | 解析手法 | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000095 | NGS（WGS、Exome、RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2020-09-28 | |
| JGAD000110 | NGS（Exome、RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2020-09-28 | |
| JGAD000122 | NGS（Exome、RNA-seq、RNA access） メチル化アレイ、SNPアレイ |
| 制限公開（Type I） | 2020-09-28 | |
| JGAD000111 | NGS（Exome、RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2020-09-28 |
提供者
- 研究代表者
- 間野 博行
- 所属機関
- 国立がん研究センター研究所 細胞情報学分野
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト情報はありません。
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
科学研究費助成事業 基盤研究（C） | ヒト悪性腫瘍におけるRACがん遺伝子の発がん機構の解明 |
|
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ヒト上皮性腫瘍の発生・進展機構の解明と新規治療標的の同定 |
|
日本医療研究開発機構・革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ（LEAP） | がん治療標的探索プロジェクト | N/A |
高松宮妃癌研究基金 | RACがん遺伝子の発がんメカニズムの解明 | N/A |
関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
Integrative analysis of genomic alterations in triple-negative breast cancer in association with homologous recombination deficiency | ||
Inactivating mutations and hypermethylation of the NKX2-1/TTF-1 gene in non-terminal respiratory unit-type lung adenocarcinomas. | ||
Fusion Kinases Identified by Genomic Analyses of Sporadic Microsatellite Instability-High Colorectal Cancers |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | データセット ID |
|---|---|---|---|---|---|
| SUBHAJYOTI DE | Rutgers Cancer Institute, Rutgers the State University of New Jersey | アメリカ合衆国 (ニュージャージー州) | Computational method development for cancer genomic data | 2018-08-06 – 2023-08-10 | |
| Youping Deng | Department of Complementary & Integrative Medicine, University of Hawaii Manoa | アメリカ合衆国 (ハワイ州) | Identification of driver genes and somatic mutations for lung cancer diagnosis and prognosis | 2018-10-04 – 2029-07-10 | |
| 万代 昌紀 | 婦人科学産科学教室, 京都大学医学部医学研究科 | 日本 | 多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者のオミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索 | 2018-10-04 – 2025-04-14 | |
| 佐藤 哲也 | 基盤研究室, 合同会社H.U.グループ中央研究所 | 日本 | 制限公開クリニカルシーケンスデータを利用したリンチ症候群大腸がん関連マーカー遺伝子の探索 | 2019-08-05 – 2021-01-28 | |
| 白石 航也 | ゲノム生物学研究分野, 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 | 日本 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | 2019-08-05 – 2029-03-31 | |
| Ruping Sun | Department of laboratory medicine and pathology, University of Minnesota | アメリカ合衆国 (ミネソタ州) | Accounting for Copy Number States in Quantifying Tumor Heterogeneity | 2020-03-19 – 2023-01-16 | |
| 有田 正規 | 生命情報・DDBJ センター, 国立遺伝学研究所 | 日本 | DDBJ センターと NBDC による JGA 解析データの提供 | 2021-10-07 – 2030-03-31 | |
| 中岡 博史 | 腫瘍ゲノム研究部, 公益財団法人佐々木研究所 | 日本 | 肺がん遺伝子解析研究 | 2022-08-17 – 2026-07-23 | |
| 浜田 道昭 | 浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05 – 2027-10-31 | |
| 垣内 伸之 | 白眉センター, 京都大学 | 日本 | 固形腫瘍における遺伝子異常の網羅的解析 | 2023-04-06 – 2028-03-31 | |
| 晋 王 | 骨と軟組織科, 中山大学附属腫瘍病院 | 中国 | 硬繊維腫のゲノム学的研究 | 2023-09-06 – 2029-12-30 | |
| Charles Swanton | The Francis Crick Institute | イギリス | Studying lung cancer evolution in smokers and never-smokers | 2024-09-03 – 2026-05-07 | |
| 鎌田 真由美 | 未来工学部 データサイエンス学科 生命情報デザイン, 北里大学 | 日本 | 肺癌の遺伝子発現解析の生物学的特性ならびに診断・治療におけるバイオマーカーの研究 | 2025-12-08 – 2028-03-31 |