データセット ID
JGAD000095
- データの種類
- NGS（WGS、Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 9.8 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0094
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000095 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000095 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- トリプルネガティブ乳がん（ICD10：C50）：16症例
- 健康状態罹患
- 対象者数16 (人数)
- 疾患
- トリプルネガティブ乳がん
- 試料説明
- 乳がんの切除標本（腫瘍組織およびペア非腫瘍組織）もしくは末梢血（正常組織）から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 103 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- 表現型データの有無
- あり
WES
- 材料と対象者
- トリプルネガティブ乳がん（ICD10：C50）：36症例
- 健康状態混在
- 対象者数36 (人数)
- 疾患
- トリプルネガティブ乳がん
- 試料説明
- 乳がん、肺腺がん、大腸がん、デスモイド腫瘍、および、肺多形がんの切除標本（腫瘍組織およびペア非腫瘍組織）もしくは末梢血（正常組織）から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
SureSelect Human All Exon V5
SureSelect Human All Exon V6 - 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 乳がん: 103 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
GRCh38 - 表現型データの有無
- あり
RNA-seq
- 材料と対象者
- トリプルネガティブ乳がん（ICD10：C50）：23症例（うち2症例を再解析[JGAD000457]）
エストロゲン受容体陽性乳がん（ICD10：C50）：17症例
HER2陽性乳がん（ICD10：C50）：15症例 - 健康状態罹患
- 対象者数55 (人数)
- 疾患
- トリプルネガティブ乳がん
- エストロゲン受容体陽性乳がん
- HER2陽性乳がん
- 試料説明
- 乳がん、肺腺がん、大腸がん、デスモイド腫瘍、肺多形がんおよび唾液腺導管がんの切除標本、凍結検体ならびにFFPE（腫瘍組織）から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Exome - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 乳がん: 103 bp