2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2022-11-08
- 研究
- hum0094
- データの種類
- NGS(Exome、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000105
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
トリプルネガティブ乳がん(ICD10: C50): 23症例(うち2症例を再解析[JGAD000457]) エストロゲン受容体陽性乳がん(ICD10: C50): 17症例 HER2陽性乳がん(ICD10: C50): 15症例 肺腺がん(ICD10: C349): 43症例 MSI-H大腸がん(ICD10: C18, C19, C20): 94症例 肝転移を有する大腸がん: 12症例、肝転移を有さない大腸がん: 16症例(ICD10: C18, C19, C20) 肺腺がん(ICD10: C34): 126症例 デスモイド腫瘍(ICD10: D48.1): 55症例 肺多形がん(NCBI MedGen UID: 87198): 33症例48検体(凍結検体: 12症例12検体、FFPE: 21症例36検体) 大腸がん(ICD10: C189): 141症例170検体(凍結腫瘍検体、14症例はRNA-seqのみ実施) 唾液腺導管がん(ICD10: C089): 67症例67検体(凍結検体: 19症例19検体、FFPE: 48症例48検体)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2000/2500]
- 試料説明
乳がん、肺腺がん、大腸がん、デスモイド腫瘍、肺多形がんおよび唾液腺導管がんの切除標本、凍結検体ならびにFFPE(腫瘍組織)から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext® Ultra™ Directional RNA Library Prep Kit for Illumina® 肺多形がんのFFPE: TruSeq RNA Access Library Prep kit
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
乳がん、肺腺がん: 103 bp MSI-H大腸がん: 104 bp または 135 bp 大腸がん(JGAD000139): 133 bp 肺腺がん(JGAD000301): 134 bp または 137 bp デスモイド腫瘍: 134 bp または 137 bp 肺多形がん: 132 bp または 133 bp 大腸がん(JGAD000446): 125 bpまたは127 bp 乳がん(JGAD000457): 100 bp 唾液腺導管がん: 132 bp または 133 bp
- JGAデータセットAccession
乳がん: JGAD000095、JGAD000457 肺腺がん: JGAD000111 MSI-H大腸がん: JGAD000122 大腸がん: JGAD000139 肺腺がん: JGAD000301 デスモイド腫瘍: JGAD000376 肺多形がん: JGAD000407 大腸がん: JGAD000446 唾液腺導管がん: JGAD000653
- 総データ量
JGAD000095: 8.94 TB(fastq) JGAD000111: 1.31 TB(fastq) JGAD000122: 5.99 TB(fastq) JGAD000139: 1.91 TB(fastq) JGAD000301: 5 TB(fastq) JGAD000376: 2.8 TB(fastq) JGAD000407: 786.9 GB(fastq) JGAD000446: 7.5 TB(fastq) JGAD000457: 41.2 GB(fastq) JGAD000653: 970.3 GB (fastq)
- 利用ポリシー
NBDC policy(JGAD000095、JGAD000122、JGAD000139、JGAD000301、JGAD000376、JGAD000407、JGAD000446、JGAD000457、JGAD000653) NBDC policy および 民間企業における利用禁止(JGAD000111)