hum0056 のリリース情報
hum0056-v1
2018-03-30- リリースノート
- IMM地域住民コホート197名の末梢血より単離した102名の単球、102名のCD4陽性Tリンパ球、および94名の好中球より抽出したDNA・RNAを対象にWGS、WGBS、RNA-seqを実施し、以下の結果についてtxt形式にて提供する。
（1） WGSからのSNPsの遺伝子型頻度情報
TruSeq DNA PCR-Free HT Sample Prep Kitによりライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 2500およびHiSeq X]にて平均162bpもしくは150bpの断片を解読し（Paired-end）、1%よりも頻度の高い一塩基多型のアリル頻度情報を提供する。
（2） WGBSからの各CpG部位の平均メチル化率情報
TruSeq DNA Methylation Kitによりライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 2500]にて平均125bpの断片を解読し（Paired-end）、NovoMethyl（ver.0.1.19）によりメチル化率を算出した結果を提供する。
（3） RNA-seqからの平均FPKM値
TruSeq RNA Library Preparation Kit v2によりライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 2500]にて平均125bpの断片を解読し（Single-end）、遺伝子毎のFPKM値を算出した結果を提供する。