データセット ID
NHA000067
- データの種類
- （1）SNPsのアリル頻度情報（WGS）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 318 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0056
- 公開日
- 2018-03-30
- 更新日
- 2018-03-30
- Secondary ID
- hum0056.v1.freq.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0056.v1.freq.v1.zip | 318 MB | ||
| hum0056_ | Dictionary file | 13.3 KB |
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- IMMの地域住民コホート：197名
- 健康状態健常
- 対象者数197 (人数)
- 試料説明
- 102名の単球、102名のCD4陽性Tリンパ球、94名の好中球より抽出したDNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞、単球、好中球
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris LE220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq X - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 162 bp
好中球72検体: 150 bp - 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Bowtie2（version 2.1.0）
- リード重複除去
- 無
- 再アライメント・塩基品質補正
- 無
- QC・フィルタリング
- qMiSeq*1
- 解析方法
- Bcftools software（ver. 0.1.17-dev）
- リード数
- 230,956,735,490 / 228,318,012,630
（単球：58,859,522,366 / 57,737,359,722）
（CD4陽性Tリンパ球：58,964,563,094 / 57,845,976,317）
（好中球：113,132,650,030 / 112,734,676,591）
※マップされたリード数：複数マップの候補がある場合にはランダムに1か所にアライメントしている。 - カバレッジ (深度)
- 40.9x
- バリアント数
- 単球: 8,129,415 SNPs
CD4陽性Tリンパ球: 8,137,443 SNPs
好中球: 8,175,808 SNPs