2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
目的: いわて東北メディカル・メガバンク機構 (IMM) が実施した多層オミックス参照パネルを研究コミュニティに提供すること。
研究方法: 東北メディカル・メガバンク計画地域住民コホート参加者197名のバフィーコートもしくは末梢血より単離した単球、CD4陽性Tリンパ球、好中球を対象に、次世代シークエンサーによる全ゲノムシークエンス (Whole Genome Sequencing: WGS) 、全ゲノムバイサルファイトシークエンス (Whole Genome Bisulfite Sequencing: WGBS) およびRNA シークエンス (RNA Sequencing: RNA-seq) を実施した。197名のSNPsのアリル頻度情報、CpG部位のメチル化率情報、各転写物のFPKM値情報を提供する。
対象: IMM地域住民コホート102名の単球、102名のCD4陽性Tリンパ球、94名の好中球 (計: 197名)
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| hum0056.v1.freq.v1 | 非制限公開 | (1)SNPsのアリル頻度情報(WGS) | 2018-03-30 | |
| hum0056.v1.ch3.v1 | 非制限公開 | (2)各CpG部位の平均メチル化率情報(WGBS) | 2018-03-30 | |
| hum0056.v1.fpkm.v1 | 非制限公開 | (3)各遺伝子の平均FPKM値(RNA-seq) | 2018-03-30 | |
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| いわて東北メディカル・メガバンク機構 ([http://iwate-megabank.org/](http://iwate-megabank.org/)) /生体情報解析部門 | |
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 医療研究開発推進事業費補助金 | 東北メディカル・メガバンク計画 (岩手医科大学) 東日本大震災復興特別会計分 |
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| 文部科学省 次世代医療研究開発拠点形成事業費補助金 | 東北メディカルメガバンク計画 | |
タイトル | DOI | 利用データID |
|---|---|---|
| Genome-wide identification of inter-individually variable DNA methylation sites improves the efficacy of epigenetic association studies | https://doi.org/10.1038/s41525-017-0016-5 | |
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
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| データなし | |||||