データセット ID
NHA000066
- データの種類
- （3）各遺伝子の平均FPKM値（RNA-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 874 KB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0056
- 公開日
- 2018-03-30
- 更新日
- 2018-03-30
- Secondary ID
- hum0056.v1.fpkm.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0056.v1.fpkm.v1.zip | 860 KB | ||
| hum0056_ | Dictionary file | 13.3 KB |
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- IMMの地域住民コホート：197名
- 対象者数197 (人数)
- 試料説明
- 102名の単球、102名のCD4陽性Tリンパ球、94名の好中球より抽出したRNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞、単球、好中球
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
- 断片化
- 高温条件下での2価陽イオンによる断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 125 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- TopHat（ver. 2.0.13）
- リード重複除去
- 無
- 再アライメント・塩基品質補正
- 無
- QC・フィルタリング
- 電気泳動とqPCR
- 解析方法
- cuffquantとcuffnorm
- リード数
- 単球：33,917,157 ± 3,153,528 / 27,390,039 ± 2,494,286
CD4陽性Tリンパ球：35,175,996 ± 1,275,575 / 27,506,624 ± 1,669,459
好中球：47,040,140 ± 6,289,540 / 43,241,139 ± 8,491,065 - カバレッジ (深度)
- N/A
- カバレッジ (割合)
- N/A
- 遺伝子数
- 単球: 16,282 genes
CD4陽性Tリンパ球: 18,299 genes
好中球: 14,534 genes - 加工データの種類
- FPKM