データセット ID
NHA000065
- データの種類
- （2）各CpG部位の平均メチル化率情報（WGBS）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.8 GB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0056
- 公開日
- 2018-03-30
- 更新日
- 2018-03-30
- Secondary ID
- hum0056.v1.ch3.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0056.v1.ch3.v1.zip | 1.8 GB | ||
| hum0056_ | Dictionary file | 13.3 KB |
解析手法
WGBS
- 材料と対象者
- IMMの地域住民コホート：197名
- 対象者数197 (人数)
- 試料説明
- 102名の単球、102名のCD4陽性Tリンパ球、94名の好中球より抽出したDNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞、単球、好中球
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGBS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA Methylation Kit
- 断片化
- バイサルファイト反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 125 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- NovoAlign（ver.3.02.08）
- リード重複除去
- SAMtools（ver.0.1.19）
- 再アライメント・塩基品質補正
- 無
- QC・フィルタリング
- 電気泳動とqPCR
- 解析方法
- NovoMethyl（ver.3.02.08）
- リード数
- 単球：780,709,034 ± 45,934,514 / 624,432,868 ± 38,766,158
CD4陽性Tリンパ球：779,212,752 ± 40,833,955 / 667,934,331 ± 33,002,407
好中球：1,144,935,054 ± 33,512,764 / 994,992,101 ± 32,667,070 - カバレッジ (深度)
- 単球: 31.1x (± 1.6)
CD4陽性Tリンパ球: 31x (± 1.6)
好中球: 54.7x (± 1.6) - 加工データの種類
- DNA メチル化データ