データセット ID
JGAD000465
- データの種類
- NGS（Amplicon-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 312 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0295
- 公開日
- 2024-11-05
- 更新日
- 2024-11-05
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000351 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| MM_ | 95遺伝子 | 16.2 KB |
解析手法
RNA Amplicon-seq
- 材料と対象者
- 悪性黒色腫（ICD10：C21.0、C30.0、C31.9、C43.1、C43.3、C43.4、C43.5、C43.6、C43.7、C51.1、C52、C53.9、C60.9、C67.9、C69.0）：98症例
腫瘍組織：121検体（原発巣1検体：65例、原発巣2検体：2例、転移巣1検体：10例、原発巣と転移巣の両方：21例）
非腫瘍組織：98検体（末梢血もしくは唾液）
脂腺母斑（ICD10：D23.7）：1症例
腫瘍組織：3検体（脂腺母斑、毛芽種、汗孔腫） - 健康状態罹患
- 対象者数99 (人数)
- 疾患
- 悪性黒色腫 (C210, C300, C319, C431, C433, C434, C435, C436, C437, C511, C52, C539, C609, C679, C690)
脂腺母斑 (D237) - 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織末梢血、唾液
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Amplicon-seq
- 測定対象
- 95遺伝子
- 試薬キット
- Ion AmpliSeq Library Kit Plus
- 断片化
- PCR
- プラットフォーム
- Thermo Fisher Scientific Ion S5
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 200 bp