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NBDC ヒトデータベース

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研究 ID

hum0277-v1リリース情報

このページは過去のバージョン (v1) です。最新のバージョンは v4 です。
最新バージョン (v4)

研究題目

泌尿器科領域の腫瘍性疾患の発症、進展、及び薬剤の治療効果に関わる遺伝子の解析

研究概要

目的
網羅的なエピゲノム解析を行うことで、泌尿器系の腫瘍の発症・進展・治療効果に寄与する分子メカニズムを明らかにし、発症機構や治療機構を解明する。
研究方法
single cell RNA-seq（scRNA-seq）、Whole exome sequencing（WES）、RNA-seqを実施。
・scRNA-seq：各切除検体を1細胞処理し、Chromium single cell 3' kit（10XGenomics）の工程に従いライブラリ作成後、NextSeq 500（イルミナ社）でペアエンドシーケンスを実施する。
・WES：SureSelect Human All Exon V6 （Agilent Technologies）にてライブラリ作成後、NovaSeq 6000/PE150（Illumina）にてシーケンスを実施する。
・RNA-seq：TruSeq Stranded mRNA Library Prep KitおよびTruSeq RNA CD Index Kit （Dual Index）にてライブラリ作成後、Hiseq 2500 （Illumina）にてシーケンスを実施する。
対象
Birt-Hogg-Dubé（BHD）関連腎がん10症例、hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer（HLRCC）関連腎がん1症例、Von Hippel-Lindau（VHL）関連腎がん2症例、散発性淡明細胞型腎がん2症例
・scRNA-seq：BHD関連腎がん 2症例 2検体、HLRCC関連腎がん 1症例 2検体、VHL関連腎がん 2症例 2検体、散発性淡明細胞型腎がん 2症例 6検体（腎腫瘍組織 4検体、正常腎組織 2検体）
・WES：BHD関連腎がん 2症例 2検体、HLRCC関連腎がん 1症例 2検体、VHL関連腎がん 2症例 2検体、散発性淡明細胞型腎がん 2症例 4検体、および、各症例の正常腎組織 7検体
・RNA-seq：BHD関連腎がん 10症例 21検体（腎腫瘍組織 16検体、正常腎組織 5検体）
URL
N/A

データセット

データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。

カートデータセット IDデータの種類解析手法アクセス制限公開日
JGAD000414NGS（scRNA-seq、Exome、RNA-seq）
  • RNA-seq
  • scRNA-seq
  • WES
制限公開（Type I）2022-08-25

提供者

研究代表者
蓮見 壽史
所属機関
横浜市立大学 泌尿器科学

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト情報はありません。

助成金情報

科研費・助成金名研究課題名研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究（C）
癌抑制遺伝子FLCNの代謝および膜輸送制御に着目した腎腫瘍化機構の解析研究
  • 19K09694
文部科学省「特色ある共同利用・共同研究拠点事業」
横浜市立大学先端医科学研究センター「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」
N/A

関連論文

タイトルDOIデータセット ID
Single-cell transcriptomes underscore genetically distinct tumor characteristics and microenvironment for hereditary kidney cancers
https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104463 (新しいタブで開きます)

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目データ利用期間データセット ID
Antonio FinelliDepartment of Surgical Oncology, University Health Network/Princess Margaret Cancer CenterカナダIdentifying novel immune evasion tumor immune networks as targets for ccRCC immunotherapy2023-11-16 – 2024-11-13
嘉島 相輝大学院医学系研究科腎泌尿器科学講座, 秋田大学日本泌尿器癌(腎細胞癌、尿路上皮癌)における免疫療法の治療応答と有害事象の予測を目的とするバイオマーカーの探索研究2026-06-18 – 2034-05-31