2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2022-08-25
- 更新日
- 2025-09-17
- 研究
- hum0277
- データの種類
- NGS(scRNA-seq、Exome、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000303
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
BHD(ICD10: Q878)関連腎がん(ICD10: C64): 10症例 21検体 (腫瘍組織 16検体、非腫瘍組織 5検体) 散発性嫌色素性腎がん(ICD10: C64): 21症例 21検体 (腫瘍組織 21検体) 腎オンコサイトーマ(ICD10: C64): 7症例 7検体 (腫瘍組織 7検体) 腎がん(ICD10: C64): 167症例 167検体(内69症例はWGSも実施) (腫瘍組織 167検体)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit、TruSeq RNA CD Index Kit(Dual Index)
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
read1 126 bp、 read2 126 bp
- JGAデータセットAccession
BHD関連腎がん: JGAD000414
- 総データ量
JGAD000414: 316.9 GB(fastq) JGAD000686: 1.4 TB＋20 GB(fastq) JGAD000872: 7.8 TB(fastq)
- 利用ポリシー
scRNA-seq
- 材料と対象者
腎がん(ICD10: C64): 7症例(WESと同じ症例) BHD(ICD10: Q878)関連腎がん: 2症例 2検体 HLRCC(MedGen ID: 353771)関連腎がん: 1症例 2検体 VHL(ICD10: Q858)関連腎がん: 2症例 2検体 散発性淡明細胞型腎がん: 2症例 6検体 (腫瘍組織 4検体、非腫瘍組織 2検体)
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000/NextSeq 500]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織に対して1細胞処理を実施後、抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium single cell 3' kit (10XGenomics)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
index 8 bp、 read1 28 bp、 read2 91 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
316.9 GB(fastq)
- 利用ポリシー
WES
- 材料と対象者
腎がん(ICD10: C64): 7症例(scRNA-seqと同じ症例) BHD(ICD10: Q878)関連腎がん: 2症例 4検体 (腫瘍組織 2検体、非腫瘍組織 2検体) HLRCC(MedGen ID: 353771)関連腎がん: 1症例 3検体 (腫瘍組織 2検体、非腫瘍組織 1検体) VHL(ICD10: Q858)関連腎がん: 2症例 4検体 (腫瘍組織 2検体、非腫瘍組織 2検体) 散発性淡明細胞型腎がん: 2症例 6検体 (腫瘍組織 4検体、非腫瘍組織 2検体)
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000/PE150]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon V6 (Agilent Technologies)
- 断片化
超音波断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
read1 150 bp、 read2 150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
316.9 GB(fastq)
- 利用ポリシー