データセット ID
JGAD000414
- データの種類
- NGS（scRNA-seq、Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 317 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0277
- 公開日
- 2022-08-25
- 更新日
- 2022-08-25
- DDBJ Search
- JGAD000414 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000303 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- BHD（ICD10：Q878）関連腎がん（ICD10：C64）：10症例 21検体
（腫瘍組織 16検体、非腫瘍組織 5検体）
散発性嫌色素性腎がん（ICD10：C64）：21症例 21検体
（腫瘍組織 21検体）
腎オンコサイトーマ（ICD10：C64）：7症例 7検体
（腫瘍組織 7検体）
腎がん（ICD10：C64）：167症例 167検体（内69症例はWGSも実施）
（腫瘍組織 167検体） - 健康状態罹患
- 対象者数205 (人数)
- 疾患
- BHD
- 関連腎がん
- 散発性嫌色素性腎がん
- 腎オンコサイトーマ
- 腎がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織腎臓
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA CD Index Kit (Dual Index)
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 126 bp (read1)
126 bp (read2)
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 腎がん（ICD10：C64）：7症例
BHD（ICD10：Q878）関連腎がん：2症例 2検体
HLRCC（MedGen ID：353771）関連腎がん：1症例 2検体
VHL（ICD10：Q858）関連腎がん：2症例 2検体
散発性淡明細胞型腎がん：2症例 6検体
（腫瘍組織 4検体、非腫瘍組織 2検体） - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- 腎がん
- BHD
- VHL
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織に対して1細胞処理を実施後、抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3'
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 8 bp (インデックス)
28 bp (read1)
91 bp (read2)
WES
- 材料と対象者
- 腎がん（ICD10：C64）：7症例
BHD（ICD10：Q878）関連腎がん：2症例 4検体
（腫瘍組織 2検体、非腫瘍組織 2検体）
HLRCC（MedGen ID：353771）関連腎がん：1症例 3検体
（腫瘍組織 2検体、非腫瘍組織 1検体）
VHL（ICD10：Q858）関連腎がん：2症例 4検体
（腫瘍組織 2検体、非腫瘍組織 2検体）
散発性淡明細胞型腎がん：2症例 6検体
（腫瘍組織 4検体、非腫瘍組織 2検体） - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- 腎がん
- BHD
- VHL
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp (read1)
150 bp (read2)