データセット ID
JGAD000686
- データの種類
- NGS（WGS、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.4 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0277
- 公開日
- 2023-04-19
- 更新日
- 2023-05-08
- DDBJ Search
- JGAD000686 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000564 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- BHD（ICD10：Q878）関連腎がん（ICD10：C64）：10症例 21検体
（腫瘍組織 16検体、非腫瘍組織 5検体）
散発性嫌色素性腎がん（ICD10：C64）：21症例 21検体
（腫瘍組織 21検体）
腎オンコサイトーマ（ICD10：C64）：7症例 7検体
（腫瘍組織 7検体）
腎がん（ICD10：C64）：167症例 167検体（内69症例はWGSも実施）
（腫瘍組織 167検体） - 健康状態罹患
- 対象者数205 (人数)
- 疾患
- BHD
- 関連腎がん
- 散発性嫌色素性腎がん
- 腎オンコサイトーマ
- 腎がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織腎臓
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA CD Index Kit (Dual Index)
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 126 bp (read1)
126 bp (read2)
WGS
- 材料と対象者
- BHD（ICD10：Q878）関連腎がん（ICD10：C64）：9症例 25検体
（腫瘍組織 16検体、非腫瘍組織 9検体）
腎がん（ICD10：C64）：69症例 138検体
（腫瘍組織 69検体、非腫瘍組織 69検体 [正常腎臓：65検体、血液：4検体]） - 健康状態罹患
- 対象者数78 (人数)
- 疾患
- BHD
- 関連腎がん
- 腎がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織腎臓、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp (read1)
150 bp (read2)