2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
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目的: がん組織のプロテオゲノミクスHLAリガンドーム解析による新規タイプがん抗原の探索
研究方法: 【ヒト大腸がん細胞株および大腸がん】 RNA-seq、CAGE-seq、ならびにIso-seq解析を実施し、組織解析で同定済みの非コード領域由来新規がん抗原をコードする転写産物バリアントを探索した。 【子宮体がん】 腫瘍組織を対象としたバルクRNA-seqにより各組織サンプル中で発現する遺伝子群を網羅的解析した。また、腫瘍組織および末梢血のWESにより、症例ごとの体細胞遺伝子変異を検出し、HLAリガンドーム解析と組み合わせてネオ抗原を同定した。さらに、腫瘍浸潤T細胞のシングルセルRNA-seq/TCR-seqから腫瘍反応性の細胞傷害性CD4+T細胞を特定し、これらに特徴的な遺伝子発現パターンを解析した。
対象: ヒト大腸がん細胞株: 1種類、大腸がん6症例、子宮体がん: 5症例
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| JGAD000386 | 制限公開（Type I） | NGS(Iso-seq、CAGE-seq、RNA-seq) | 2021-04-09 | |
| JGAD000907 | 制限公開（Type I） | NGS(RNA-seq、scRNA-seq、scTCR-seq、Exome) | 2025-08-29 | |
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| データなし | |
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 (AMED) 次世代がん医療創生研究事業 (P-CREATE) | プロテオゲノミクスによるlncRNAがん抗原を標的とした革新的免疫治療の開発 |
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| 日本医療研究開発機構 (AMED) 次世代がん医療加速化研究事業 (P-PROMOTE) | NAPプロテオゲノミクス解析基盤によるT細胞腫瘍抗原オミクス研究 |
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| 科学研究費助成事業 基盤研究 (B) | 新しいネオ抗原検出技術による腫瘍特異的CD4+T細胞の機能解析とがん治療応用 |
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タイトル | DOI | 利用データID |
|---|---|---|
| CD8+ T-cell Immune Surveillance against a Tumor Antigen Encoded by the Oncogenic Long Noncoding RNA PVT1 | https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-20-0964 | |
| Identification and Phenotypic Characterization of Neoantigen-Specific Cytotoxic CD4+ T Cells in Endometrial Cancer | https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-24-0514 | |
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | 利用データID |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田道昭 | Waseda University | Japan | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05—2027-10-31 | |