データセット ID
JGAD000907
- データの種類
- NGS（RNA-seq、scRNA-seq、scTCR-seq、Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 217 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0268
- 公開日
- 2025-08-29
- 更新日
- 2025-08-29
- DDBJ Search
- JGAD000907 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000766 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 大腸がん：6症例（腫瘍組織：6検体、非腫瘍組織：5検体）
子宮体がん（ICD10：C54.9）：5症例（腫瘍組織：5検体） - 健康状態罹患
- 対象者数11 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 試料説明
- 腫瘍組織、非腫瘍組織、ならびに培養細胞から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- COLO 320DM
- 試料の入手元
- ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株（CCL-220）
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C54.9）：1症例
（腫瘍組織に含まれる腫瘍浸潤T細胞：1検体） - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 試料説明
- 腫瘍組織に含まれる腫瘍浸潤T細胞から抽出したRNA
- 組織TIL
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell V(D)J v1.1
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 91 bp
scTCR-seq
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C54.9）：1症例
（腫瘍組織に含まれる腫瘍浸潤T細胞：1検体） - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 試料説明
- 腫瘍組織に含まれる腫瘍浸潤T細胞から抽出したRNA
- 組織TIL
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- TCR-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell V(D)J v1.1
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 91 bp
WES
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C54.9）：5症例
（腫瘍組織：5検体、末梢血：5検体） - 健康状態罹患
- 対象者数5 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp