研究 ID
hum0268-v2リリース情報
最新
研究題目
がん組織を用いたネオアンチゲンスクリーニング
研究概要
- 目的
- がん組織のプロテオゲノミクスHLAリガンドーム解析による新規タイプがん抗原の探索
- 研究方法
- 【ヒト大腸がん細胞株および大腸がん】 RNA-seq、CAGE-seq、ならびにIso-seq解析を実施し、組織解析で同定済みの非コード領域由来新規がん抗原をコードする転写産物バリアントを探索した。
【子宮体がん】 腫瘍組織を対象としたバルクRNA-seqにより各組織サンプル中で発現する遺伝子群を網羅的解析した。また、腫瘍組織および末梢血のWESにより、症例ごとの体細胞遺伝子変異を検出し、HLAリガンドーム解析と組み合わせてネオ抗原を同定した。さらに、腫瘍浸潤T細胞のシングルセルRNA-seq/TCR-seqから腫瘍反応性の細胞傷害性CD4+T細胞を特定し、これらに特徴的な遺伝子発現パターンを解析した。 - 対象
- ヒト大腸がん細胞株：1種類、大腸がん6症例、子宮体がん：5症例
- URL
- N/A
データセット
| カート | データセット ID | データの種類 | 解析手法 | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000386 | NGS（Iso-seq、CAGE-seq、RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2021-04-09 | |
| JGAD000907 | NGS（RNA-seq、scRNA-seq、scTCR-seq、Exome） |
| 制限公開（Type I） | 2025-08-29 |
提供者
- 研究代表者
- 金関 貴幸
- 所属機関
- 札幌医科大学 病理学第一講座/新潟大学医学部 分子病理学分野
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト情報はありません。
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | プロテオゲノミクスによるlncRNAがん抗原を標的とした革新的免疫治療の開発 |
|
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療加速化研究事業（P-PROMOTE） | NAPプロテオゲノミクス解析基盤によるT細胞腫瘍抗原オミクス研究 |
|
科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 新しいネオ抗原検出技術による腫瘍特異的CD4+T細胞の機能解析とがん治療応用 |
|
関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
CD8+ T-cell Immune Surveillance against a Tumor Antigen Encoded by the Oncogenic Long Noncoding RNA PVT1 | ||
Identification and Phenotypic Characterization of Neoantigen-Specific Cytotoxic CD4+ T Cells in Endometrial Cancer |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | データセット ID |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05 – 2027-10-31 |