データセット ID
JGAD000386
- データの種類
- NGS（Iso-seq、CAGE-seq、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 153 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0268
- 公開日
- 2021-04-09
- 更新日
- 2021-04-09
- DDBJ Search
- JGAD000386 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000280 (新しいタブで開きます)
解析手法
Iso-seq
- 材料と対象者
- ヒト大腸がん細胞株（ICD10：C18）：1検体
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (検体数)
- 疾患
- ヒト大腸がん細胞株
- 試料説明
- 細胞から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- COLO 320DM
- 試料の入手元
- ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株（CCL-220）
- 実験方法
- Iso-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMRTbell Template Prep Kit 2.0
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- PacBio Sequel
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- N/A
CAGE-seq
- 材料と対象者
- ヒト大腸がん細胞株（ICD10：C18）：1検体
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (検体数)
- 疾患
- ヒト大腸がん細胞株
- 試料説明
- 細胞から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- COLO 320DM
- 試料の入手元
- ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株（CCL-220）
- 実験方法
- CAGE-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- N/A
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 75 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- ヒト大腸がん細胞株（ICD10：C18）：1検体
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (混在)
- 疾患
- ヒト大腸がん細胞株
- 試料説明
- 腫瘍組織、非腫瘍組織、ならびに培養細胞から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- COLO 320DM
- 試料の入手元
- ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株（CCL-220）
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp