2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2021-04-09
- 更新日
- 2025-08-29
- 研究
- hum0268
- データの種類
- NGS(Iso-seq、CAGE-seq、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000280
解析手法
Iso-seq
- 材料と対象者
ヒト大腸がん細胞株(ICD10: C18): 1検体
- 実験方法
Iso-seq
- プラットフォーム
PacBio [Sequel]
- 試料説明
細胞から抽出したRNA
- 細胞株
ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株(CCL-220)
- ライブラリ構築
SMRTbell Template Prep Kit 2.0
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Single-end
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
16.1 GB(fastq)
- 利用ポリシー
CAGE-seq
- 材料と対象者
ヒト大腸がん細胞株(ICD10: C18): 1検体
- 実験方法
CAGE-seq
- プラットフォーム
Illumina [NextSeq]
- 試料説明
細胞から抽出したRNA
- 細胞株
ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株(CCL-220)
- リードタイプ
Single-end
- リード長
75 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
16.1 GB(fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
ヒト大腸がん細胞株(ICD10: C18): 1検体 大腸がん: 6症例(腫瘍組織: 6検体、非腫瘍組織: 5検体) 子宮体がん(ICD10: C54.9): 5症例(腫瘍組織: 5検体)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織、非腫瘍組織、ならびに培養細胞から抽出したRNA
- 細胞株
ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株(CCL-220)
- ライブラリ構築
TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit
- 断片化
上記キットに準拠
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
ヒト大腸がん細胞株・大腸がん: 153.2 GB(fastq) 子宮体がん: 217.5 GB(fastq)
- 利用ポリシー