2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
目的: 滑膜線維芽細胞の炎症環境応答と関節リウマチの病態形成に対する寄与を解明する
研究方法: 関節リウマチおよび変形性関節症 (コントロール) 患者由来の滑膜線維芽細胞を、関節内のサイトカイン (TNF-α, IL-1β, IL-6/sIL-6R, IL-17A, IL-18, IFN-γ, IFN-α, TGF-β1, 複合炎症をシミュレートした全8種のmixture [8-mix]) で24時間刺激した。また、同一患者より末梢血リンパ球5分画 (CD4陽性T細胞、CD8陽性T細胞、B細胞、NK細胞、単球) を分取した。各サンプルを用いて、SNPアレイ・ChIP-seq (H3K27ac・H3K4me1・H3K4me3) ・Hi-C・RNA-seq解析を実施した。
対象: 関節リウマチ30症例、変形性関節症30症例
データセット ID | アクセス制限 | データの種類 | 公開日 | |
|---|---|---|---|---|
| hum0207.v1.RNA.v1 | 非制限公開 | NGS(RNA-seq)による遺伝子毎のリード数カウント | 2020-01-06 | |
| hum0207.v1.ChIP.v1 | 非制限公開 | NGS(ChIP-seq)によるエンリッチ領域ピーク情報 | 2020-01-06 | |
| hum0207.v1.HiC.v1 | 非制限公開 | NGS(Hi-C)によるループ情報 | 2020-01-06 | |
| hum0207.v1.eQTL.v1 | 非制限公開 | SNPアレイ上の変異に対する遺伝子発現量から算出したeQTL | 2020-01-06 | |
研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
| ヒト免疫細胞における遺伝子多型と遺伝子発現の関連解析 | |
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究 (B) | 関節リウマチ滑膜線維芽細胞における炎症メディエーター産生エピゲノム機構の解明 |
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| 科学研究費助成事業 基盤研究 (C) | 関節リウマチ検体のトランスクリプトーム解析で同定された新規シグナルの検討 |
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| 共同研究費 (武田薬品工業) | 統合疾患データベースの構築とその臨床応用 | |
| 共同研究費 (武田薬品工業) | eQTLを基礎とした創薬標的の探索と治療法の開 | |
タイトル | DOI | データセット |
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| Parsing multiomics landscape of activated synovial fibroblasts highlights drug targets linked to genetic risk of rheumatoid arthritis | https://doi.org/10.1136/annrheumdis-2020-218189 | |
名前 | 所属機関 | 国 | 研究題目 | データ利用期間 | データセット一覧 |
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| データなし | |||||