データセット ID
NHA000133
- データの種類
- NGS（Hi-C）によるループ情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.4 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0207
- 公開日
- 2020-01-06
- 更新日
- 2020-01-06
- Secondary ID
- hum0207.v1.HiC.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0207.v1.HiC.v1.zip | 1.4 MB | ||
| hum0207.v1_ | Dictionary file | 17.0 KB |
解析手法
Hi-C
- 材料と対象者
- 関節リウマチ（ICD10：M05）：7症例
1症例あたり、滑膜線維芽細胞 3条件（無刺激, TNF-α, 8-mix）を用意し、同じ条件のサンプルをプール：計3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- 関節リウマチ (M05)
- 試料説明
- 関節リウマチ患者由来の各細胞から抽出したDNA
- 組織Synovial fibroblast
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Hi-C
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris S2）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- BWA-mem
- QC・フィルタリング
- "juicer" software内で実施
- 解析方法
- HiCCUPS
- リード数
- 3億7千万- 4億
- カバレッジ (深度)
- N/A
- カバレッジ (割合)
- N/A
- 加工データの種類
- Hi-C loops