データセット ID
NHA000132
- データの種類
- NGS（ChIP-seq）によるエンリッチ領域ピーク情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 166 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0207
- 公開日
- 2020-01-06
- 更新日
- 2020-01-06
- Secondary ID
- hum0207.v1.ChIP.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0207.v1.ChIP.v1.zip | 166 MB | ||
| hum0207.v1_ | Dictionary file | 17.0 KB |
解析手法
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 関節リウマチ（ICD10：M05）：20症例
変形性関節症（ICD10：M06）：20症例
1症例あたり、末梢血リンパ球 5分画（CD4陽性T細胞, CD8陽性T細胞, B細胞, NK細胞, 単球）と滑膜線維芽細胞 10条件（無刺激, TNF-α, IL-1β, IL-6/sIL-6R, IL-17A, IL-18, IFN-γ, IFN-α, TGF-β1, 8-mix）を用意し、同じ条件のサンプルを疾患群ごとにプール後、3種の抗体（H3K4me1, H3K4me3, H3K27ac）を用いた免疫沈降を実施：計90検体中、quality control条件をパスした83検体 - 健康状態罹患
- 対象者数40 (人数)
- 疾患
- 関節リウマチ (M05)
変形性関節症 (M06) - 試料説明
- 関節リウマチ・変形性関節症患者由来の各細胞に対して免疫沈降実施後抽出したDNA
- 組織B 細胞、CD4 陽性 T 細胞、CD8 陽性 T 細胞、単球、NK 細胞、Synovial fibroblast
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- ChIP-IT High Sensitivity Kit
ChIP-IT PBMC Kit - 断片化
- 超音波断片化（Covaris S2）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 50 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Bowtie2
- QC・フィルタリング
- アダプタートリミング cutadapt、クオリティトリミング fastxtoolkit（クオリティスコア < 20の塩基を除去、塩基数 < 50 のリードを除去、クオリティスコア < 20の塩基が20%より多いリードを除去）
- 解析方法
- MACS 2.0
- リード数
- 2000万-5000万 / -
- カバレッジ (深度)
- N/A
- カバレッジ (割合)
- N/A
- 加工データの種類
- Peak calls