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NBDC ヒトデータベース

研究題目

乳腺腫瘍の表現型にかかわる体細胞変異および遺伝子発現異常の解析

研究概要

目的: 非浸潤性乳管がんの分子生物学的背景に基づいたリスク層別化因子の探索、および浸潤性乳管がんの転移過程の解析

研究方法: 臨床的リスク因子に基づいて非浸潤性乳管がん症例、および浸潤性乳管がんを選択し、網羅的遺伝子解析によりリスク因子との関連を検討する。 ・浸潤性乳管がん: target capture sequencing (TC) 解析、メチル化解析、空間トランスクリプトーム解析、single cell RNA sequencing (scRNA-seq) 解析、semibulk RNA-seq解析、whole genome sequencing (WGS) 解析、Enzymatic Methyl-seq (EM-seq) 解析、targeted long-read methylation sequencing (t-nanoEM) 解析を実施した。 ・非浸潤性乳がん: target capture sequencing (TC) 解析、メチル化解析、空間トランスクリプトーム解析、single cell RNA sequencing (scRNA-seq) 解析、semibulk RNA-seq解析、whole exome sequencing (Exome) 解析、single cell copy number variant (scCNV) 解析、whole genome sequencing (WGS) 解析を実施した。

対象: ヒト非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん

データセット一覧

データセット ID
アクセス制限
データの種類
公開日
JGAD000287制限公開(Type I)NGS(Exome) シングルセルCNV解析2021-04-02

提供者情報

    研究代表者
    永澤 慧
    所属機関名
    聖マリアンナ医科大学 外科学 乳腺・内分泌外科

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト名
URL
データなし

助成金情報

科研費・助成金名
タイトル
研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究 (研究領域提案型)先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
  • 16H06279 (PAGS)
日本学術振興会藤田記念医学研究振興基金乳房非浸潤性乳管癌 (DCIS) の治療最適化に向けた新規再発リスク因子の検討

    関連論文

    タイトル
    DOI
    利用データID
    Efficient prediction of a spatial transcriptomics profile better characterizes breast cancer tissue sections without costly experimentationhttps://doi.org/10.1038/s41598-022-07685-4
    Semibulk RNA-seq analysis as a convenient method for measuring gene expression statuses in a local cellular environmenthttps://doi.org/10.1038/s41598-022-19391-2

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    利用データID
    データなし