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NBDC ヒトデータベース
NBDC Research ID:hum0174-v6
リリース情報
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研究題目

日本人ゲノム構造変異データベースの作成

研究概要

目的: 日本人ゲノムにおける構造変異の多様性をデータベース化する

研究方法: 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたDNAサンプルをPacBio Sequel/Sequel II、10X Chromium、およびNanopore PromethIONによりシークエンスし、構造変異の解析を行った。

対象: 日本人由来B細胞株・DNAバンク (医薬基盤・健康・栄養研究所) から分譲されたサンプル、合計10検体+11検体+177検体+141検体+30検体

データセット一覧

データセット ID
アクセス制限
データの種類
公開日
JGAD000251制限公開(Type I)NGS(WGS): Sequence raw data、サンプルごとのStructural Variantsデータ2020-10-07
JGAD000706制限公開(Type I)NGS(WGS)2023-06-30
JGAD000392制限公開(Type I)NGS(WGS): Sequence raw data、サンプルごとのStructural Variantsデータ2023-09-26
JGAD000622制限公開(Type I)NGS(WGS): Sequence raw data、一部サンプルごとのhaplotypeデータ2023-08-10
JGAD000725制限公開(Type I)NGS(WGS)2024-01-09

提供者情報

    代表者
    森下 真一
    所属機関
    東京大学大学院新領域創成科学研究科

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト名
URL
データなし

助成金情報

科研費・助成金名
タイトル
研究課題番号
日本医療研究開発機構 (AMED) ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 先端ゲノム研究開発ヒトゲノム De Novo 情報解析テクノロジーの創出
  • JP16km0405204
日本医療研究開発機構 (AMED) ゲノム医療実現バイオバンク利活用プログラムヒトゲノム De Novo 情報解析テクノロジーの創出
  • JP21tm0424219

関連論文

タイトル
DOI
データセット
Rapid and ongoing evolution of repetitive sequence structures in human centromeres.https://doi.org/10.1126/sciadv.abd9230
JTK: targeted diploid genome assemblerhttps://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad398
A landscape of complex tandem repeats within individual human genomeshttps://doi.org/10.1038/s41467-023-41262-1

制限公開データの利用者一覧

名前
所属機関
研究題目
データ利用期間
データセット一覧
dummydummyNational Institute of GeneticsJapandummy (2023-05-31 リリース確認のためのテスト申請です)2023-06-082023-06-13
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