データセット ID
JGAD000622
- データの種類
- NGS（WGS）：Sequence raw data、一部サンプルごとのhaplotypeデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 7.5 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- FASTA
- BAM
- VCF
- 研究
- hum0174
- 公開日
- 2023-08-10
- 更新日
- 2025-02-18
- DDBJ Search
- JGAD000622 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000505 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたDNAサンプル：177 ＋ 30 検体
177検体 - 対象者数177 (検体数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたDNAサンプル
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Japanese B cell line
- 試料の入手元
- 日本人由来B細胞株・DNAバンク（医薬基盤・健康・栄養研究所）
https://bioresource.nibn.go.jp/psc/ - 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMRTbell Library Prep Kit
- 断片化
- Megaruptor
- プラットフォーム
- PacBio Sequel II
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 14,949 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- minimap2（hg38-no_alt）
- QC・フィルタリング
- Qubit, NanoDrop, TapeStation, Femto Pulse, Pulsed-field gel electrophoresis
- 解析方法
- DeepVariant
- カバレッジ (深度)
- CCS: 9.06x