データセット ID
JGAD000706
- データの種類
- NGS（WGS）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.4 GB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0174
- 公開日
- 2023-06-30
- 更新日
- 2023-06-30
- DDBJ Search
- JGAD000706 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000580 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたB細胞より抽出したDNAサンプル：1検体
- 対象者数1 (検体数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたB細胞1検体より抽出したDNAサンプル
- 組織B 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Japanese B cell line
- 試料の入手元
- 日本人由来B細胞株・DNAバンク（医薬基盤・健康・栄養研究所）
https://bioresource.nibn.go.jp/psc/ - 実験方法
- WGS
- 測定対象
- MHC、LRC、Chr1、SMN1/SMN2領域
- 試薬キット
- Ultra-Long DNA Sequencing Kit (SQK-ULK001)
- 断片化
- トランスポゼースを用いた断片化
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 56.2–63.8 kbp (N50)
- 参照ゲノム
- T2T-CHM13
- マッピング
- minimap2（v2.24）with "-x map-ont"
- マッピング品質
- N/A
- カバレッジ (深度)
- 81–104x (中央値の範囲)