データセット ID
JGAD000251
- データの種類
- NGS（WGS）：Sequence raw data、サンプルごとのStructural Variantsデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 5.7 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- VCF
- BEDPE
- 研究
- hum0174
- 公開日
- 2020-10-07
- 更新日
- 2020-11-27
- DDBJ Search
- JGAD000251 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000173 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたDNAサンプル：10検体
- 対象者数10 (検体数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたDNAサンプル
- 組織B 細胞
- 細胞株
- Japanese B cell line
- 試料の入手元
- 日本人由来B細胞株・DNAバンク（医薬基盤・健康・栄養研究所）
https://bioresource.nibn.go.jp/psc/ - 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMRTbell Library Prep Kit
- 断片化
- 1．Megaruptor, g-tube
2．None - プラットフォーム
- 10x Genomics Chromium
PacBio Sequel - リードタイプ
- 混在
- リード長
- 14,000 bp (1．)
151 bp (2．) - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- 1．minimap2
2．longranger by 10X Genomics - QC・フィルタリング
- 1．Qubit, Pulsed-field gel electrophoresis, TapeStation, Bioanalyzer
2．qPCR, Bioanalyzer - 解析方法
- 1．Sniffles
2．longranger by 10X Genomics - カバレッジ (深度)
- 29x (1．)
19x (2．) - バリアント数
- 16,870 (1． /sample)
5100 (2． /sample)
WGS
- 材料と対象者
- 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたDNAサンプル：11検体
- 対象者数11 (検体数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 日本人由来B細胞株・DNAバンクから分譲されたDNAサンプル
- 組織B 細胞
- 試料の入手元
- 日本人由来B細胞株・DNAバンク（医薬基盤・健康・栄養研究所）
https://bioresource.nibn.go.jp/psc/ - 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMRTbell Library Prep Kit
- 断片化
- Megaruptor, g-tube
- プラットフォーム
- PacBio Sequel
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 14,000 bp