hum0090 のリリース情報
hum0090-v1
2016-11-18- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- NGS（PBAT-seq）
大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞より抽出したDNAを用いたPBAT-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。Post-Bisulfite Adaptor-Tagging（PBAT）法（http://crest-ihec.jp/epigenome/index.html）でライブラリ作製し、HiSeq 2000（Illumina）によりシングルエンドシークエンシングを行っている。
NGS（ChIP-seq）
大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞より抽出したDNAを用いたChIP-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。抗H3K4me3,H3K9me3, H3K27me3, H3K27ac, H3K4me1, H3K36me3モノクローナル抗体（東京工業大学木村宏教授提供）を用いて免疫沈降後ChIP-seqライブラリを作製し、HiSeq 2500（Illumina）によりシークエンシングを行っている。
NGS（RNA-seq）
大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞より抽出したRNAを用いたRNA-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。Agilent SureSelect Strand Specific RNA kitによるライブラリ作製、HiSeq 2000（Illumina）での100bpペアエンドシークエンシングを行っている。