NBDC Research ID: hum0201.v8
研究内容の概要
目的： 消化管上皮細胞の、正常組織・炎症組織（消化器炎症性疾患）・腫瘍組織のゲノム解析による形質上の相違の探索
方法：
JGAS000199：腸管上皮細胞の疾患組織（腫瘍・炎症部位）および正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNAを用いたWhole Exome sequencing解析
JGAS000237：腫瘍性疾患の腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイドおよび末梢血から抽出したDNA、RNAを用いたWhole Genome sequencing解析、RNA sequencing解析
JGAS000256：培養液のローテーションによる遺伝子発現変化の検出を目的とした、2D培養した正常十二指腸オルガノイドから抽出したRNAを用いたRNA sequencing解析
JGAS000378：大腸腫瘍組織および非腫瘍組織由来のオルガノイドならびにBromodomain and extraterminal（BET）ブロモドメイン選択的阻害（(+)-JQ1）を添加した大腸腫瘍組織および非腫瘍組織由来のオルガノイドを用いたRNA sequencing解析、ならびにChIP sequencing解析
JGAS000350：大腸腫瘍由来のオルガノイドを用いたRNA sequencing解析
JGAS000550：腫瘍性疾患を有する患者の正常大腸組織を用いたsingle cell RNA sequencing解析および正常大腸オルガノイドを用いたRNA sequencingとWhole Exome sequencing解析
JGAS000719：膵がん組織周辺の正常膵管オルガノイドを対象とし、CRISPR-Cas9を用いてがん遺伝子を編集した遺伝子改変オルガノイド、および、膵がん腫瘍組織由来のオルガノイドから抽出したDNA、RNAを用いたWhole Exome sequencing解析、RNA sequencing解析、single cell RNA sequencing解析、ATAC sequencing解析、ならびにChIP sequencing解析
対象：
JGAS000199：潰瘍性大腸炎29症例、腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎26症例、下部消化管内視鏡検査を受けた健常者16名
JGAS000237：腫瘍性疾患23症例
JGAS000256：腫瘍性疾患1症例1検体の正常十二指腸組織
JGAS000378：腫瘍性疾患4症例の腫瘍組織4検体および非腫瘍組織 （正常大腸上皮）1検体
JGAS000350：腫瘍性疾患2症例11検体（1症例から2検体、もう1症例から9検体）
JGAS000550：腫瘍性疾患3症例17検体の正常大腸組織
JGAS000719：膵がん50症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000199 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2019/12/20 |
| JGAS000237 | NGS（WGS、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/10/06 |
| JGAS000256 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/11/20 |
| JGAS000378 | NGS（RNA-seq、ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/11/19 |
| JGAS000350 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/06/06 |
| JGAS000550 | NGS（scRNA-seq、RNA-seq、Exome） | 制限公開（Type I） | 2022/08/05 |
| JGAD000687 | JGAD000335の加工データ | 制限公開（Type I） | 2022/12/27 |
| JGAS000719 | NGS（Exome、RNA-seq、scRNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/08/28 |
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分子データ
Exome（JGAS000199／JGAS000550／JGAS000719）
| 対象 |
潰瘍性大腸炎（ICD10：K51）：29症例 （炎症組織のオルガノイド11検体、非炎症組織のオルガノイド14検体、末梢血12検体） 腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎（ICD10：K51, C18, C19, C20）：26症例 （腫瘍組織のオルガノイド15検体、炎症組織のオルガノイド14検体、非炎症組織のオルガノイド5検体、末梢血10検体） 腫瘍性疾患（ICD10：C18）：2症例 （正常大腸組織のオルガノイド8検体） 下部消化管内視鏡検査を受けた健常者：16名 （末梢血10検体、正常組織のオルガノイド24検体） 膵がん（ICD10：C25）：50症例 （腫瘍組織のオルガノイド50検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/4000、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 疾患組織（腫瘍組織・炎症組織）・正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000284：488 GB（fastq） JGAD000669：59.5 GB（fastq） JGAD000852：846.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腫瘍性疾患：23症例（55検体） （腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイドおよび末梢血） 小細胞肺がん（ICD10：C34） 胆道がん（ICD10：C23, C24, C78） 大腸がん（ICD10：C18-20） 十二指腸がん（ICD10：C17） 食道がん（ICD10：C15） 胃がん（ICD10：C16, C78） 肝がん（ICD10：C22） 膵がん（ICD10：C25） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイドおよび末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | BGIによって作成されたライブラリーを使用 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000335 |
| NBDCおよび生命情報・DDBJ センターによる加工データのID |
加工方法はこちら |
| 総データ量 | 2.752 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
RNA-seq（JGAS000237、JGAS000378）
| 対象 |
腫瘍性疾患：23＋4症例（35＋5検体） （腫瘍組織39検体および非腫瘍組織 [正常大腸上皮] 1検体より樹立したオルガノイド） 小細胞肺がん（ICD10：C34） 胆道がん（ICD10：C23, C24, C78） 大腸がん（ICD10：C18-20） 十二指腸がん（ICD10：C17） 食道がん（ICD10：C15） 胃がん（ICD10：C16, C78） 肝がん（ICD10：C22） 膵がん（ICD10：C25） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/X Ten、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース |
腫瘍組織および非腫瘍組織（正常大腸上皮）より樹立したオルガノイドから抽出したRNA BET阻害剤を添加した大腸腫瘍組織および非腫瘍組織（正常大腸上皮）由来のオルガノイドから抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 250 bp/150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000336：2.752 TB（fastq） JGAD000492：190.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腫瘍性疾患（ICD10：C16）：1症例（1検体） （正常十二指腸組織より樹立したオルガノイド） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース |
正常十二指腸組織より樹立したオルガノイドから抽出したRNA 4日間の培養液ローテーションあり、なし、およびローテーションから0、1、2、4日後（6条件） |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 250 bp/150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000359 |
| 総データ量 | 37 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腫瘍性疾患（ICD10：C16）：2症例（11検体） （大腸腫瘍組織より樹立したオルガノイド） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 4000] |
| ライブラリソース |
大腸腫瘍組織より樹立したオルガノイドから抽出したRNA 幾つかの条件（抗がん剤投与など）を振って培養した後の細胞、並びに、マーカーを使って分取した細胞集団 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 250 bp/150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000464 |
| 総データ量 | 108.9 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腫瘍性疾患（ICD10：C18）：2症例（8検体） （正常大腸組織より樹立したオルガノイド） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 正常大腸組織より樹立したオルガノイドから抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 x 2 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000669 |
| 総データ量 | 46.6 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵がん（ICD10：C25）：40症例（50検体） （腫瘍組織のオルガノイド：38症例38検体） （正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：2症例12検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 4000、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 x 2 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000852 |
| 総データ量 | 846.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腫瘍性疾患（ICD10：C16）：1症例（1検体） （正常大腸組織） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 4000] |
| ライブラリソース | 正常大腸組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Single Cell 3′ Library & Gel Bead Kit v2 and the A Chip Kit (10X Genomics) |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 28+91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000669 |
| 総データ量 | 66.0 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵がん（ICD10：C25）：1症例（6検体） （正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 4000] |
| ライブラリソース | 遺伝子改変オルガノイドから抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 3’ Reagent Kits v3.1 |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 28+91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000852 |
| 総データ量 | 846.3 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腫瘍性疾患：4症例（5検体） （腫瘍組織4検体および非腫瘍組織 [正常大腸上皮] 1検体より樹立したオルガノイド） 大腸がん（ICD10：C18） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織非腫瘍組織（正常大腸上皮）より樹立したオルガノイドから抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27Ac）を用いて免疫沈降 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Bioruptor Ⅱ） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000492 |
| 総データ量 | 190.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵がん（ICD10：C25）：5症例（13検体） （腫瘍組織のオルガノイド：3症例3検体） （正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：2症例10検体） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27me3）を用いて免疫沈降 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Bioruptor Ⅱ） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| クオリティコントロール方法 | FRiP score |
| マッピング方法 | Bowtie2 |
| リファレンス配列 | hg38 |
| ピークコール方法（ソフトウェアなど） | MACS2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000852 |
| 総データ量 | 882.8 GB（fastq、bed） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵がん（ICD10：C25）：12症例（16検体） （腫瘍組織のオルガノイド：10症例12検体） （正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：2症例4検体） |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Omni-ATAC protocol |
| 断片化の方法 | Tn5 transposase |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 x 2 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000852 |
| 総データ量 | 846.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 佐藤 俊朗
所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部 坂口光洋記念講座（オルガノイド医学）
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 老化メカニズムの解明・制御プロジェクト | 消化器疾患発症制御を目指した加齢形質変化の理解 | JP19gm5010002 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | がん多階層フェノタイプの理解に基づいた先端的創薬システムの開発 | JP19cm0106206 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 新しい4次元モデルシステムを用いた腸管線維化疾患の病態解明 | JP19gm1210001 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | オルガノドライブラリーの構築による消化器疾患形質の統合的理解 | 17H06176 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 小腸上皮オルガノイドにより創出した移植グラフトの機能解析 | 20H03746 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | ニッチ構築によるヒト消化器疾患の発症・進展のメカニズムを解き明かす | 22H04995 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Somatic inflammatory gene mutations in human ulcerative colitis epithelium | doi: 10.1038/s41586-019-1844-5 | JGAD000284 |
| 2 | An Organoid Biobank of Neuroendocrine Neoplasms Enables Genotype-Phenotype Mapping | doi: 10.1016/j.cell.2020.10.023 |
JGAD000335 JGAD000336 |
| 3 | An organoid-based organ repurposing approach to treat short bowel syndrome | doi: 10.1038/s41586-021-03247-2 | JGAD000359 |
| 4 | Organoid screening reveals epigenetic vulnerabilities in human colorectal cancer | doi: 10.1038/s41589-022-00984-x | JGAD000492 |
| 5 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Klaus H. Kaestner | Institue for Diabetes, Obesity & Metabolism at Unversity of Pennsylvania | Somatic mutation analysis of the pancreas in type 1 diabetes | JGAD000284 | 2020/04/13-2021/03/03 | |
| Ulf Leser | Department of Mathematics and Computer Science, Humboldt-Universitaet zu Berlin | MAPTor-NET: MAPK-mTOR network model driven individualized therapies of pancreatic neuro-endocrine tumors (pNETs) | JGAD000335, JGAD000336 | 2021/06/03-2023/04/01 | |
| 田沼 延公 | 宮城県立がんセンター 研究所 | 日本 | 患者由来オルガノイドを用いた、膵・消化管神経内分泌腫瘍の生物学的特性の解明 | JGAD000336 | 2022/09/19-2023/07/31 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000336, JGAD000359, JGAD000492 | 2022/12/26-2025/03/31 |
| 山本 拓也 | 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 プレシジョン免疫プロジェクト | 日本 | 新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫（メラノーマ）に対するワクチン開発基盤研究 | JGAD000852 | 2024/11/12-2025/09/01 |
