NBDC Research ID: hum0161.v1
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研究内容の概要
目的: 日本人の肝芽腫におけるゲノム変異を探索する
方法: 肝芽腫切除切片における非腫瘍組織(正常組織)および腫瘍組織より抽出したDNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeq 2500にて塩基配列を決定する。
対象: 肝芽腫患者の非腫瘍組織および腫瘍組織のDNA
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
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JGAS000156 | NGS(WGS) | 制限公開(Type I) | 2021/06/04 |
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分子データ
対象 |
肝芽腫(ICD10:C22.2):33 症例 腫瘍組織:33 検体 非腫瘍組織:33 検体 |
規模 | WGS |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
ライブラリソース | 肝芽腫切除切片における非腫瘍組織および腫瘍組織から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | TruSeq Nano DNA Low Throughput Library Prep Kit |
断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 126 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000234 |
総データ量 | 4 TB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 中川 英刀
所 属 機 関: 理化学研究所 生命医科学研究センター
プロジェクト/研究グループ名:-
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
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