研究内容の概要

目的： 日本人の肝芽腫におけるゲノム変異を探索する

方法： 肝芽腫切除切片における非腫瘍組織（正常組織）および腫瘍組織より抽出したDNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeq 2500にて塩基配列を決定する。

対象： 肝芽腫患者の非腫瘍組織および腫瘍組織のDNA

データID	内容	制限	公開日
JGAS000156	NGS（WGS）	制限公開（Type I）	2021/06/04

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分子データ


対象	肝芽腫（ICD10：C22.2）：33 症例　　腫瘍組織：33 検体　　非腫瘍組織：33 検体
規模	WGS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	肝芽腫切除切片における非腫瘍組織および腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	TruSeq Nano DNA Low Throughput Library Prep Kit
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	126 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000234
総データ量	4 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 中川英刀

所属機関： 理化学研究所生命医科学研究センター

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
-

研究代表者	所属機関	利用データID	利用期間