NBDC Research ID: hum0161.v2
研究内容の概要
目的： 日本人の肝芽腫におけるゲノム変異を探索する
方法： 肝芽腫切除切片における非腫瘍組織（正常組織）および腫瘍組織より抽出したDNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeq 2500にて塩基配列を決定する。
対象： 肝芽腫患者の非腫瘍組織および腫瘍組織のDNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000156 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2021/06/04 |
| JGAD000688 | JGAD000234の加工データ | 制限公開（Type I） | 2022/12/27 |
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分子データ
| 対象 |
肝芽腫（ICD10：C22.2）：33 症例 腫瘍組織：33 検体 非腫瘍組織：33 検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 肝芽腫切除切片における非腫瘍組織および腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Nano DNA Low Throughput Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 126 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000234 |
| NBDCおよび生命情報・DDBJ センターによる加工データのID |
加工方法はこちら |
| 総データ量 | 4 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中川 英刀
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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