データセット ID
NHA000201
- データの種類
- 9歳時のImmunoCAP ISACによる特異的IgE検査を実施済みの成育コホート研究参加者564名のGWAS集計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 17.0 GB
- ファイル形式
- TXT
- DOCX
- 研究
- hum0505
- 公開日
- 2025-05-30
- 更新日
- 2025-05-30
- Secondary ID
- hum0505.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Phlp4.txt | Phl p 4 | 350 MB | |
| Phlp5.txt | Phl p 5 | 350 MB | |
| Plaa2.txt | Pla a 2 | 350 MB | |
| Polygalacturonase.txt | ポリガラクツロナーゼ | 350 MB | |
| Profilin.txt | プロフィリン | 350 MB | |
| ReadMe_ | Dictionary file | 25.1 KB | |
| Tropomyosin.txt | トロポミオシン | 348 MB | |
| Uteroglobin.txt | ウテログロビン | 351 MB | |
| total_ | total_IgE | 537 MB |
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解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- 9歳時のImmunoCAP ISACによる特異的IgE検査を実施済みの成育コホート研究参加者564名
総IgE値データは562名 - 健康状態混在
- 対象者数564 (人数)
- 年齢層小児
- 試料説明
- 末梢血もしくは唾液から抽出したDNA
- 組織末梢血、唾液
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina Infinium Asian Screening Array
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- SampleのQC：以下の基準に基づき、サンプルを除外した
(1) コール率が98％未満
(2) 1000 Genomes Project Phase 3 を用いた主成分分析（principal component analysis）により推定された日本人集団からの外れ値
(3) 推定された親族関係がPI_HAT＞0.1875の近親者
(4) 表現型と遺伝子型による性別の不一致
GenotypingのQC：以下の基準に基づき、ジェノタイピングされたバリアントを選定した
(1) Gentrainスコア≧0.7
(2) マイナーアレル頻度＞1％
(3) ジェノタイピングコール率＞95％
(4) Hardy-Weinberg平衡検定のP値＞1.0 × 10⁻⁵
Imputation後のQC：Rsq＞0.7、かつ、マイナーアレルカウント≧20 - インピュテーション
- SHAPEIT2 software and Minimac4 software
Imputation reference：JGAS000114 reference panel （GRCh37） - バリアント数
- 総IgE: 7,099,279 variants
総IgE以外: 6,471,740 variants - 加工データの種類
- GWAS 要約統計量
- 表現型データの有無
- あり