データセット ID
NHA000199
- データの種類
- 発作性心房細動のExomeデータを元にしたGWAS統計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 321 KB
- ファイル形式
- DOCX
- ZIP
- 研究
- hum0495
- 公開日
- 2025-02-13
- 更新日
- 2025-02-13
- Secondary ID
- hum0495.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0495.v1.gwas.v1.zip | 301 KB | ||
| hum0495_ | Dictionary file | 20.1 KB |
解析手法
WES + Genotyping by array
- 材料と対象者
- PAF（ICD10：I48.0）：1,176症例
非PAF（対照）：1,172名 - 健康状態混在
- 対象者数2348 (人数)
- 疾患
- PAF (I480)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
WES - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect XT Reagent Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- QC・フィルタリング
- Sample QC：以下のサンプルを除外
（1） Sample call rate < 0.97
（2） 性別の不一致
（3） 血縁関係者（親族係数0.088を超える二親等以上のサンプル）
（4） 挿入/欠失比、データ量、ヘテロ接合性/ホモ接合性比に基づき外れた値のサンプル
Variant QC：以下のバリアントを除外
（1） genotype quality < 20
（2） depth < 10
（3） Allele imbalance
（4） variant call rate < 0.97
（5） Hardy-Weinberg equilibrium P-values =< 1 × 10−8
（6） PCA
Imputation QC：- - 解析方法
- GATK HaplotypeCaller
- バリアント数
- 518,621
- 加工データの種類
- GWAS 要約統計量
- 表現型データの有無
- あり