データセット ID
NHA000191
- データの種類
- 2型糖尿病のGWASより算出した各バリアントの重みデータ
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 66.6 MB
- ファイル形式
- DOCX
- ZIP
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2024-05-29
- 更新日
- 2024-05-29
- Secondary ID
- hum0197.v19.prs.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| PGS_ | Dictionary file | 21.3 KB | |
| hum0197.v19.prs.v1.zip | 66.5 MB |
解析手法
genome wide SNPs
- 材料と対象者
- バイオバンク・ジャパン
2型糖尿病（ICD10：E11）：27,642症例
対照者：70,242名
UKバイオバンク
2型糖尿病（ICD10：E11）：27,642症例
対照者：70,242名 - 健康状態混在
- 対象者数195,768 (人数)
- 対象集団ヨーロッパ人、日本人
- 疾患
- 2型糖尿病 (E11)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit
UK BiLEVE Axiom Array
UK Biobank Axiom Array - プラットフォーム
- Applied Biosystems UK BiLEVE Axiom Array
Applied Biosystems UK Biobank Axiom Array
Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - QC・フィルタリング
- Variants with imputation quality of Rsq < 0.3 or minor allele frequency
(MAF) < 1% were excluded
The details are described below
https://doi.org/10.1038/s41588-024-01782-y - インピュテーション
- BBJ：Eagle、Minimac3
UK Biobank：IMPUTE4 - 解析方法
- plink2
- バリアント数
- BBJ第二コホート: 728,824 バリアント
ToMMo: 855,161 バリアント - 加工データの種類
- ポリジェニックリスクスコア
- 表現型データの有無
- あり