データセット ID

NHA000190

Name: NHA000190: 腸内微生物叢のGWAS、血中代謝物のGWAS、KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
Published: 2023-10-02

データの種類: 腸内微生物叢のGWAS
血中代謝物のGWAS
KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 320 GB
ファイル形式: TSV
DOCX
研究: hum0197
公開日: 2023-10-02
更新日: 2023-10-02
Secondary ID: hum0197.v18.gwas.v1

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表示件数

20 50 100

301–320 / 732 件

ファイル名	ラベル	サイズ
metabo_P_0150_QCed_sumstats.tsv.gz	アシルカルニチン(20:1)-2	319 MB
metabo_P_0151_QCed_sumstats.tsv.gz	アシルカルニチン(20:0)	318 MB
metabo_P_0157_QCed_sumstats.tsv.gz	α-トコフェロールアセテート	318 MB
metabo_P_0167_QCed_sumstats.tsv.gz	アスタキサンチン	319 MB
metabo_P_0170_QCed_sumstats.tsv.gz	トリラウリン-2	319 MB
metabo_P_0171_QCed_sumstats.tsv.gz	1,2-ジパルミトイルグリセロ-3-ホスホエタノールアミン	318 MB
metabo_P_0172_QCed_sumstats.tsv.gz	スフィンゴミエリン(d18:1/16:0)	318 MB
metabo_P_0174_QCed_sumstats.tsv.gz	チロキシン	318 MB
metabo_P_0175_QCed_sumstats.tsv.gz	1,2-ジステアロイルグリセロ-3-ホスホコリン-1	318 MB
microbiome_L7_species_Absiella_dolichum_QCed_sumstats.tsv.gz	Absiella_dolichum	523 MB
microbiome_L7_species_Absiella_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Absiella_sp	521 MB
microbiome_L7_species_Acetivibrio_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Acetivibrio_sp	522 MB
microbiome_L7_species_Acidaminococcus_fermentans_QCed_sumstats.tsv.gz	Acidaminococcus_fermentans	526 MB
microbiome_L7_species_Acidaminococcus_intestini_QCed_sumstats.tsv.gz	Acidaminococcus_intestini	526 MB
microbiome_L7_species_Acidaminococcus_massiliensis_QCed_sumstats.tsv.gz	Acidaminococcus_massiliensis	526 MB
microbiome_L7_species_Acidaminococcus_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Acidaminococcus_sp	524 MB
microbiome_L7_species_Acinetobacter_baumannii_QCed_sumstats.tsv.gz	Acinetobacter_baumannii	525 MB
microbiome_L7_species_Acinetobacter_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Acinetobacter_sp	522 MB
microbiome_L7_species_Actinobaculum_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Actinobaculum_sp	522 MB
microbiome_L7_species_Actinomyces_dentalis_QCed_sumstats.tsv.gz	Actinomyces_dentalis	525 MB

301–320 / 732 件

解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: 日本人集団：524名（423種の微生物）
日本人集団：362名（306種の代謝物）
日本人集団：524名（KEGG Gene OrthologおよびKEGG Pathway）; 対象者数
524 (人数)
対象集団
日本人
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
実験方法: Genotyping by array
WGS
試薬キット: Infinium Asian Screening Array Kit
KAPA Hyper Prep Kit
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq X
Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000
参照ゲノム: GRCh37
QC・フィルタリング: ・SNP array data：
サンプル QC：We excluded individuals with low genotyping call rates (call rate < 98%). We included individuals of the estimated Asian ancestry using PCA.
バリアント QC：We excluded variants with (1) genotyping call rate < 99%, (2) minor allele count < 5, (3) P-value for Hardy-Weinberg equilibrium < 1.0 × 10^−10, and (4) > 5% allele frequency difference compared with the imputation reference panel or the allele frequency panel of Tohoku Medical Megabank Project.
インピュテーション後のQC：We excluded imputed variants with Rsq < 0.7 and minor allele frequency < 1%.
・WGS：
We excluded variants with genotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg P<1.0×10−10
After imputation with Beagle v5.1, we excluded imputed variants with minor allele frequency < 1%.
インピュテーション: ハプロタイプフェージング: shapeit4
インピュテーション: minimac4
解析方法: ・SNP array:
遺伝子型決定: GenomeStudio
・WGS:
WA-MEM v0.7.13、GATK v3.8-0
PLINK2
バリアント数: 腸内微生物叢/KEGG (SNP array): 7,213,470 variants
血中代謝物 (WGS): 6,840,258 variants
加工データの種類: GWAS 要約統計量
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)