データセット ID
NHA000180
- データの種類
- BBJ第1コホート137,693名の生存に関するGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 215 MB
- ファイル形式
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2022-12-31
- 更新日
- 2022-12-31
- Secondary ID
- hum0014.v27.surv.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Readme_ | Dictionary file | 26.0 KB | |
| hum0014.v27.surv.v1.zip | 215 MB |
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- BBJ第1コホート：137,693名
- 対象者数137,693 (人数)
- コホートBioBank Japan
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6
Imputation referenceのQC:
以下の条件に該当するSNVはreferenceから除外:
1) HWE P < 1 x 10^-6、2) MAF < 0.01
Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 を除外。 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 6,108,833 variants
- 加工データの種類
- 変異コール