データセット ID
NHA000176
- データの種類
- NGS（WGS）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.3 GB
- ファイル形式
- TXT
- ZIP
- 研究
- hum0364
- 公開日
- 2022-08-29
- 更新日
- 2022-08-29
- Secondary ID
- hum0364.v1.wgs-ms.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0364.v1.wgs-ms.v1.zip | 1.3 GB | ||
| hum0364.v1.wgs-ms.v1_ | README | 2.2 KB |
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 非制限公開されているヒトのWGS解析データ（健常者）
SGDP：276名
HGDP：693名
縄文人：1名 - 健康状態健常
- 対象者数970 (人数)
- コホートHGDP、SGDP
- 対象集団縄文人
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- N/A
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- N/A
- リードタイプ
- N/A
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- SGDPやHGDPにより行われた。本研究では公開されているbamファイルを用いた。
- リード重複除去
- SGDPやHGDPにより行われた。本研究では公開されているbamファイルを用いた。
- 再アライメント・塩基品質補正
- SGDPやHGDPにより行われた。本研究では公開されているbamファイルを用いた。
- マッピング品質
- 20以上のリードを用いた。
- QC・フィルタリング
- 10本未満のリードで覆われているMSは深度不足とした。全MSのうち深度不足が4%以上のサンプルは解析から除いた。
- 解析方法
- MIVcall法
- カバレッジ (深度)
- HGDPおよびSGDP: 31.7x
Funadomari: 30.4x - バリアント数
- 常染色体: 733,900