データセット ID
NHA000149
- データの種類
- 冠動脈疾患のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 366 MB
- ファイル形式
- TXT
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2020-08-17
- 更新日
- 2020-08-17
- Secondary ID
- hum0014.v20.cad.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014_ | Dictionary file | 1.9 KB | |
| hum0014_ | 統計解析データ | 365 MB | |
| hum0014_ | ポリジェニックリスクスコア | 775 KB |
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- 冠動脈疾患（ICD10：I20-25）：25,892症例
対象者：142,336名 - 健康状態混在
- 対象者数142,336 (人数)
- 疾患
- 冠動脈疾患 (I20, I21, I22, I23, I24, I25)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- Imputation後のQC: Imputation quality (Rsq) < 0.3 または MAF < 0.0002 を除外
- インピュテーション
- minimac3(BBJ-CAD reference panel)
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 常染色体: 19,707,525 variants