データセット ID
NHA000074
- データの種類
- SVR後肝がん発症 123症例および
肝がんを発症していない 333症例のGWAS - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 33.6 KB
- ファイル形式
- XLSX
- 研究
- hum0074
- 公開日
- 2018-09-25
- 更新日
- 2018-09-25
- Secondary ID
- hum0074.v2.hcc.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0074.v2.hcc.v1.xlsx | 21.7 KB | ||
| hum0074.v2_ | Dictionary file | 11.9 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- インターフェロン治療によるC型肝炎ウイルス排除（SVR）後の肝発がん（ICD10：C220）
治療終了後1年以上経過して肝がんを発症した群：123症例
治療終了後5年以上経過して肝がんを発症していない群：333症例 - 健康状態罹患
- 対象者数456 (人数)
- 疾患
- インターフェロン治療によるC型肝炎ウイルス排除（SVR）後の肝発がん (C220)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Axiom 2.0 Reagent Kit
- プラットフォーム
- DigiTag2 assay
TaqMan SNP Genotyping Assays
Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Array - 参照ゲノム
- NCBI36
- QC・フィルタリング
- Sample call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、MAF < 0.05、
HWE P < 0.001、Chi-square test (allelic model) P < 1 x 10^-4 - 解析方法
- Genotyping Console v4.1
- バリアント数
- 70 SNPs