データセット ID
NHA000064
- データの種類
- NVR 78症例、SVR 51症例、VR 64症例のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 15.2 KB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0074
- 公開日
- 2018-02-27
- 更新日
- 2018-02-27
- Secondary ID
- hum0074.v1.vr.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0074.v1.vr.v1.zip | 2.8 KB | ||
| hum0074.v1_ | Dictionary file | 12.4 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- PEG-IFN/RBVの治療応答性（血中C型肝炎ウイルス排除の有無）
NVR（排除無）：78症例
SVR（持続的排除有）：51症例
VR（排除有）：64症例 - 健康状態罹患
- 対象者数193 (人数)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Genome-Wide Human SNP Array 6.0 Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
- 参照ゲノム
- NCBI36
- QC・フィルタリング
- Sample call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、
HWE P < 0.001、Chi-square test (allelic model) P < 1 x 10^-4 - 解析方法
- Birdseed version 3
- バリアント数
- NVR vs VR: 43 SNPs
NVR vs SVR: 2 SNPs